อาการของโรค ผู้ป่วยจะมีไข้สูง ปวดศรีษะ ปวดเมื่อยกล้ามเนื้อและคอแข็ง ต่อมาจะมีอาการปวดศรีษะมากขึ้น มีอาการคลื่นไส้อาเจียนมาก เบื่ออาหาร พูดลำบาก ตราพร่า กลัวแสง พฤติกรรมเปลี่ยนแปลง กระวนกระวาย อาจมีกล้ามเนื้อกระตุกเป็นบางส่วน มือเท้าเกร็งหรือชัก บางรายอาจเป็นอัมพาตที่กล้ามเนื้อลูกตาหรือกล้ามเนื้อแขนขา ผู้ป่วยมักมีอาการซึมมากในระยะ 24 – 48 ชั่วโมง ในรายที่มีอาการรุนแรงจะไม่รู้สึกตัวและทำให้เสียชีวิตได้ ระยะของโรคประมาณ 4 -7 สัปดาห์ วินิจฉัยจากอาการทางคลินิคร่วมกับการเจาะน้ำไขสันหลังตรวจหาเชื้อ
พญ.กรุณา อธิกิจ อายุรแพทย์ โรงพยาบาลปิยะเวท กล่าวว่า เป็นที่น่าเสียดายเพราะ การรักษาไม่มียารักษาโดยตรง แพทย์จะให้การรักษาแบบประคับประคองตามอาการ เช่น ให้ยาลดไข้ ให้น้ำเกลือ เจาะคอในรายที่หมดสติหรือมีเสมหะมาก ให้อาหารทางสายยาง ให้ยากันชักหรือยาสเตียรอยด์ ทั้งนี้ผลของการรักษาขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรคด้วย การป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอี คือ หลีกเลี่ยงการสัมผัสกับโรค โดยควรกำจัดยุงและแหล่งเพาะพันธ์ยุง ระวังอย่าให้โดนยุงกัด ซึ่งจะออกกหากินในเวลาพลบค่ำถึงกลางคืน โดยทายากันยุง นอนกางมุ้ง หรือติดมุ้งลวดในบ้าน ไม่ควรเลี้ยงสุกรในบริเวณใกล้บ้านที่อยู่อาศัย และที่สำคัญที่สุดคือการฉีดวัคซีน
อย่างไรก็ดีการป้องกันไว้ก่อนเป็นสิ่งที่ดี เพราะโรคนี้รักษายาก การป้องกันจึงเป็นสิ่งสำคัญที่สุด แนะนำให้เด็กไทยทุกคนป้องกันไข้สมองอักเสบเจอี เนื่องจากประเทศไทยเป็นพื้นที่ระบาดของไข้สมองเจอี โดยฉีดใต้ผิวหนังในเด็กอายุมากกว่า 1 ปี รวมทั้งแนะนำให้ฉีดวัคซีนสำหรับผู้ต้องเดินทางเข้าไปในพื้นที่ระบาดของโรคตั้งแต่ 30 วันขึ้นไป โดยเป็นผู้ที่ไม่น่าจะมีภูมิต้านทาน เช่น ผู้ที่อยู่แต่ในเมือง ไม่เคยอาศัยอยู่ในชนบท ชาวต่างประเทศที่เดินทางมาไทย พื้นที่ระบาดได้แก่ ชนบทที่มีทุ่งนาทุกแห่ง โดยเฉพาะหน้าฝน โดยแพทย์จะฉีดวัคซีนไข้สมองอักเสบเจอีให้ 1-2 เข็ม ก่อนเดินทางหนึ่งเดือน