สำนักงานส่งเสริมวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม (สสว.) ได้มีการประสานความร่วมมือกับองค์กรต่างๆ เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนศักยภาพของผู้ประกอบการวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม หรือ SMEs ทั้งที่เป็นสมาชิก สสว. และสมาชิกของหน่วยงานพันธมิตร โดยเริ่มจากการลงนามความร่วมมือเพียง 4 องค์กร ในปี 2552 และได้ดำเนินการประสานความร่วมมือมาอย่างต่อเนื่อง พร้อมกับจำนวนหน่วยงานพันธมิตรที่เพิ่มขึ้นทุกปี
ปัจจุบัน (พ.ศ.2558) สสว. ได้รับความร่วมมือจากหน่วยงานภาครัฐ องค์กรเอกชน และสถาบันการเงิน จำนวน 32 หน่วยงาน สามารถจำแนกความร่วมมือเป็นด้านต่างๆ ดังนี้
1. ด้านเพิ่มขีดความสามารถในการเข้าถึงแหล่งทุน จำนวน 10 องค์กร ประกอบด้วย
- ธนาคารกสิกรไทย จำกัด (มหาชน)
- ธนาคารกรุงเทพ จำกัด (มหาชน)
- ธนาคารกรุงศรีอยุธยา จำกัด (มหาชน)
- ธนาคารไทยพาณิชย์ จำกัด (มหาชน)
- ธนาคารพัฒนาวิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อมแห่งประเทศไทย (SME Bank)
- ธนาคารเพี่อการส่งออกและนำเข้าแห่งประเทศไทย (EXIM Bank)
- ธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทย
- ธนาคารออมสิน
- บรรษัทประกันสินเชื่ออุตสาหกรรมขนาดย่อม (บสย.)
- ธนาคารกรุงไทย จำกัด (มหาชน)
2. ด้านการสื่อสาร เทคโนโลยี การตลาดออนไลน์ จำนวน 5 องค์กร ประกอบด้วย
- บริษัท แอดวานซ์ ไวร์เลส เน็ทเวอร์ค จำกัด (ในเครือบริษัท AIS)
- บริษัท ทรู คอร์ปอเรชั่น จำกัด (มหาชน)
- บริษัท เทเลอินโฟ มีเดีย จำกัด (มหาชน)
- บริษัท ไมโครซอฟท์ (ประเทศไทย) จำกัด
- บริษัท ตลาด ดอท คอม จำกัด
3. ด้านการค้า การส่งเสริมช่องทางการตลาด จำนวน 4 องค์กร ประกอบด้วย
- บริษัท ล็อกซเล่ย์ จำกัด (มหาชน)
- บริษัท ซีพี ออลล์ จำกัด (มหาชน)
- สมาคมแฟรนไชส์ไทย
- สมาคมการค้าและการลงทุนอาเซียน-สากล
4. ด้านการบริหารจัดการธุรกิจ จำนวน 4 องค์กร ประกอบด้วย
- บริษัท โกลบอล โปร บิซิเนสส์ โซลูชั่นส์ (ประเทศไทย) จำกัด
- สมาคมการจัดการธุรกิจแห่งประเทศไทย
- สถาบันการจัดการปัญญาภิวัฒน์
- สมาคมการจัดการงานบุคคลแห่งประเทศไทย
5. ด้านการผลิต ด้านนวัตกรรม วิจัยและพัฒนา จำนวน 4 องค์กร ประกอบด้วย
- สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ (สวทช.)
- สถาบันไทย-เยอรมัน
- สมาคมส่งเสริมเทคโนโลยี (ไทย-ญี่ปุ่น)
- สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย (วว.)
6. ด้านการจัดการความเสี่ยงทางธุรกิจ จำนวน 1 องค์กร
- ศูนย์เตรียมความพร้อมป้องกันภัยพิบัตแห่งเอเซีย
7. ด้านการประกันภัย จำนวน 1 องค์กร
- บริษัท ทีคิวเอ็ม อินชัวร์รันส์ โบรคเกอร์ จำกัด
8. ด้านสายการบิน จำนวน 1 องค์กร
- สายการบินเอทิฮัด
นอกเหนือจากนี้ยังมีหน่วยงานภาครัฐ จำนวน 2 หน่วยงาน ได้แก่ กรมบังคับคดี และกรมบัญชีกลาง