จากผลการวิจัยที่เริ่มตั้งแต่เดือนมีนาคม 2558 ที่ผ่านมา มีข้อเสนอแนะให้คณะกรรมการกฤษฎีกาและสภานิติบัญญัติแห่งชาติทบทวนหลายมาตราที่จำกัดสิทธิและเสรีภาพตามรัฐธรรมนูญของผู้ที่ถูกกระทบ โดยคำนึงถึง 'หลักความได้สัดส่วน' ตามกฏหมายปกครองและกฏหมายรัฐธรรมนูญเป็นเกณฑ์ในการพิจารณาเพื่อให้เกิดความเป็นธรรม และความเป็นไปได้จริงในการบังคับใช้ รวมไปถึงการพิจารณาถ้อยคำที่ใช้ในร่างกฎหมายซึ่งยังขาดความชัดเจนตามองค์ประกอบความผิดในทางอาญา และการเลือกใช้คำที่มีความหมายคลุมเครือและกว้างจนเกินไป ทั้งยังมีประเด็นในเรื่องของการให้อำนาจรัฐมนตรีในการประกาศมาตรการต่างๆ ในหลายมาตราเพิ่มเติมได้ภายหลังโดยไม่ได้มีการกำหนดกรอบในการออกกฎหมายลูกอย่างชัดเจนเพียงพอ ซึ่งอาจก่อให้เกิดปัญหาการกระทบสิทธิและเสรีภาพ และสร้างความไม่เป็นธรรมให้กับผู้ประกอบการผลิตและจำหน่ายผลิตภัณฑ์ยาสูบอย่างเกินความจำเป็นได้ในอนาคต
รศ. สุธรรม อยู่ในธรรม คณบดีคณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยหอการค้าไทย กล่าวว่า "ผลการวิจัยและวิเคราะห์ร่าง พ.ร.บ.ฯ แสดงให้เห็นว่า เนื้อหามีความย้อนแย้งและขัดต่อหลักนิติธรรม โดยเฉพาะในประเด็นด้านสิทธิเสรีภาพ ตามหลักกฎหมายปกครอง และไม่ต้องด้วยหลักความได้สัดส่วน โดยร่าง พ.ร.บ.ฯ จำกัดสิทธิและเสรีภาพอย่างเกินความจำเป็นและละเมิดสิทธิเสรีภาพหลายประการ อาทิ มาตรา37 ความเป็นไปได้ในการใช้มาตรการซองเรียบ (Plain Packaging) ซึ่งเป็นมาตรการที่เกินความจำเป็นและจำกัดสิทธิของผู้เป็นเจ้าของเครื่องหมายการค้าอย่างเกินสมควรและกระทบทรัพย์สินทางปัญญาซึ่งได้รับความคุ้มครองจากกฎหมายทั้งภายในประเทศและต่างประเทศที่ประเทศไทยเป็นภาคี เช่น TRIPS Agreement ปัจจุบันกระทรวงสาธารณสุขได้กำหนดสัดส่วนภาพและคำเตือนบรรจุภัณฑ์ของบุหรี่ถึงร้อยละ 85 ของพื้นที่ด้านหน้าและด้านหลัง และร้อยละ 60 ของพื้นที่ด้านข้างจึงทำให้ผู้ผลิตหรือนำเข้าผลิตภัณฑ์ยาสูบสามารถใช้พื้นที่แสดงตราสินค้าอย่างจำกัดเพื่อบ่งบอกที่มาของสินค้าและข้อมูลผู้ผลิตเท่านั้น ไม่ได้เป็นการส่งผลเพื่อการจูงใจหรือดึงดูดให้เกิดการบริโภค"
นอกจากนี้ ร่าง พ.ร.บ.ฯ ดังกล่าวยังขัดต่อหลักการตามกรอบอนุสัญญาระหว่างประเทศว่าด้วยการควบคุมยาสูบ (FCTC) ซึ่งควรจะต้องเป็นไปตามหลักการของกฎหมายภายในประเทศภาคีสมาชิก ประเทศไทยมีรัฐธรรมนูญเป็นกฎหมายสูงสุดในการปกครองประเทศ การร่างกฎหมายจึงต้องคำนึงถึงรัฐธรรมนูญเป็นสำคัญ แต่ร่าง พ.ร.บ.ฯ ฉบับใหม่นี้ได้บัญญัติมาตรการที่เข้มงวดเกินกว่าที่กรอบอนุสัญญาฯ ได้วางไว้และนำเอาแนวทางปฏิบัติซึ่งไม่มีผลผูกพันตามกฎหมายมาร่างเป็นกฎหมาย ซึ่งกระทบสิทธิและเสรีภาพตามรัฐธรรมนูญจนเกินสมควร อาทิ การจำกัดการติดต่อกับส่วนราชการในมาตรา 40 ยิ่งไปกว่านั้นร่างกฎหมายนี้ยังมีการใช้ถ้อยคำที่กว้างและคลุมเครือ เช่น "การสื่อสารการตลาด" และ "ผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับผลิตภัณฑ์ยาสูบ" ซึ่งอาจมีปัญหาในทางปฏิบัติ ทั้งที่เป็นกฎหมายที่มีโทษทางอาญา
"การร่างกฎหมายควบคุมยาสูบที่ดีจึงควรพิจารณาตามกรอบอนุสัญญาฯ เท่าที่จำเป็น เพื่อป้องกันเยาวชนในการเข้าถึงผลิตภัณฑ์ยาสูบ ลดปริมาณการบริโภคยาสูบ และคุ้มครองสุขภาพและอนามัยของผู้บริโภค อีกทั้งยังต้องสร้างความสมดุลระหว่างมาตรการทางกฎหมายและจำกัดเสรีภาพของพลเมืองตามรัฐธรรมนูญ รวมทั้งให้ความเป็นธรรมกับผู้ประกอบการที่ทำธุรกิจอย่างสุจริต ซึ่งสมควรได้รับความคุ้มครองทางกฎหมายเช่นกัน จึงจะสามารถบรรลุวัตถุประสงค์ของร่าง พ.ร.บ.ฯ ฉบับนี้ได้อย่างแท้จริง"อาจารย์ ปวินี ไพรทอง นักวิจัย กล่าวเสริม
จากผลการวิจัยชี้ให้เห็นได้อย่างชัดเจนว่าร่าง พ.ร.บ.ฯ ฉบับนี้มีความย้อนแย้งในตนเองและขัดต่อข้อกฎหมายทั้งรัฐธรรมนูญและกฎหมายระหว่างประเทศ ไม่สอดคล้องกับหลักการร่างกฎหมายที่ดี ที่สำคัญละเมิดและจำกัดสิทธิเสรีภาพของผู้ประกอบการ ส่งผลกระทบในเชิงพาณิชย์ ดังนั้นแนวทางที่คณะกรรมการกฤษฎีกา คณะรัฐมนตรี และสภานิติบัญญัติแห่งชาติน่าจะกระทำต่อไปได้คือพิจารณาแก้ไขร่าง พ.ร.บ.ฯ ดังกล่าวอย่างละเอียดถี่ถ้วน โดยคำถึงผลกระทบในทุกมิติ เพื่อให้พระราชบัญญัติฉบับนี้เป็นไปอย่างยุติธรรมและมีความสอดคล้องกับหลักการมีส่วนร่วมตามหลักการบริหารบ้านเมืองที่ดี (Good Governance) รวมทั้งสอดคล้องกับการนำนโยบายที่ประชาคมโลกยอมรับมาเป็นแนวทางในการร่างกฎหมายอย่างสมดุลและเป็นธรรม