ตามร่างรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับเสนอสภาปฏิรูปแห่งชาติ เพื่อลงมติให้ความเห็นชอบหรือไม่เห็นชอบร่างรัฐธรรมนูญนี้ทั้งฉบับ) มาตรา ๒๕๔ ที่กำหนดให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีอำนาจไต่สวนและวินิจฉัยเจ้าหน้าที่ของรัฐ เฉพาะผู้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าหน่วยงานของรัฐหรือเทียบเท่า นั้นเป็นการ โอนภารกิจที่สำคัญที่เคยมีอำนาจไต่สวนเจ้าหน้าที่ของรัฐตั้งแต่ระดับผู้อำนวยการกองหรือเทียบเท่าขึ้นไป อันเป็นอำนาจของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ในฐานะองค์กรอิสระที่มีความเชี่ยวชาญในการดำเนินคดีทุจริตไปยังหน่วยงานอื่นภายใต้สังกัดของฝ่ายบริหาร โดย ไม่คำนึงถึงรากเหง้าที่แท้จริงของปัญหาไม่สอดคล้องกับหลักการสากลของนานาประเทศ และสภาพปัญหาที่แท้จริง ของการทุจริตซึ่งมีผู้เกี่ยวข้องในการกระทำผิดทุกภาคส่วน ไม่ว่าจะเป็นนักการเมือง ข้าราชการ และเอกชน เชื่อมโยงกันเป็นกระบวนการ ในส่วนของข้าราชการย่อมเกี่ยวพันทุกระดับตำแหน่ง ตามร่างรัฐธรรมนูญดังกล่าวหากไม่มีการกล่าวหาหัวหน้าหน่วยงานของรัฐ หรือเทียบเท่าคณะกรรมการ ป.ป.ช. ย่อมไม่มีอำนาจที่จะรับไว้ดำเนินการ จึงอาจเกิดปัญหาการตัดตอนการดำเนินคดีได้
ในปัจจุบันคณะกรรมการ ป.ป.ช. มีอำนาจไต่สวนเจ้าหน้าที่ของรัฐตั้งแต่ผู้บริหารระดับสูงหรือข้าราชการซึ่งดำรงตำแหน่งตั้งแต่ผู้อำนวยการกอง หรือเทียบเท่าขึ้นไป รวมทั้งดำเนินการกับเจ้าหน้าที่ของรัฐ หรือข้าราชการในระดับต่ำกว่าที่ร่วมกระทำความผิดกับผู้ดำรงตำแหน่งดังกล่าว หรือกับผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง หรือที่กระทำความผิดในลักษณะที่คณะกรรมการ ป.ป.ช. เห็นสมควรดำเนินการด้วยตามที่คณะกรรมการ ป.ป.ช. กำหนด โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา จึงเป็นกลไกที่สำคัญในการควบคุมตรวจสอบการดำเนินคดีกับเจ้าหน้าที่ของรัฐในระดับล่างให้มีประสิทธิภาพ มิได้แบ่งแยกการดำเนินคดีโดยอาศัย
การกำหนดตำแหน่งในการไต่สวนดังเช่นร่างรัฐธรรมนูญนี้ คณะกรรมการ ป.ป.ช. ตระหนักดีว่าการจัดการกับปัญหาการทุจริตคอร์รัปชันเป็นเรื่องสำคัญที่ทุกภาคส่วนจะต้องร่วมกันจัดการกับปัญหา และไม่ควรที่คณะกรรมการ ป.ป.ช. จะต้องไปดำเนินการเองทุกกรณี แต่จากสถิติการดำเนินคดีที่ผ่านมา การดำเนินคดีที่เกี่ยวกับการทุจริต ที่โยงใยถึงระดับสูงส่วนใหญ่จะเริ่มที่เจ้าหน้าที่ของรัฐระดับล่างหรือระดับกลาง ซึ่งเป็นผู้ปฏิบัติตามคำสั่งหรือการสั่งการของเจ้าหน้าที่ของรัฐระดับสูง หรือนักการเมือง โดยประชาชนซึ่งเป็นผู้ใกล้ชิดกับผู้ใช้อำนาจรัฐระดับล่างหรือระดับกลาง ซึ่งได้รับผลกระทบโดยตรงจะเป็นผู้ร้องเรียน จากข้อมูลปัจจุบัน เรื่องกล่าวหาที่อยู่ระหว่างดำเนินการไต่สวนข้อเท็จจริง ในระดับตำแหน่งหัวหน้าหน่วยงานของรัฐหรือเทียบเท่ามีเพียง ๑๖๘ ราย เจ้าหน้าที่ของรัฐซึ่งดำรงตำแหน่งตั้งแต่ผู้อำนวยการกองหรือเทียบเท่าขึ้นไป ๓,๐๖๒ ราย ซึ่งคดีส่วนหนึ่งสามารถขยายผลการไต่สวนถึงเจ้าหน้าที่ระดับสูงหรือหัวหน้าหน่วยงานของรัฐได้ และผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ๒,๗๓๘ ราย ดังนั้นหากเจ้าหน้าที่ของรัฐระดับล่างและระดับกลางถูกตัดตอนก็ไม่สามารถดำเนินคดี กับผู้บงการเบื้องหลังได้ จึงอาจนำมาซึ่งการร้องเรียนหัวหน้าหน่วยงานของรัฐต่อ ป.ป.ช. ในทุกคดีที่ประชาชนต้องการให้ ป.ป.ช. ไต่สวน อันจะเกิดความปั่นป่วนในการบริหารราชการแผ่นดิน
คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีความกังวลว่าการตัดอำนาจ ป.ป.ช. ในการไต่สวนคดีทุจริตดังกล่าว อาจทำให้การแก้ไขปัญหาการทุจริตไม่ประสบความสำเร็จ และเกิดกรณีวิกฤติดังเช่นเหตุการณ์ก่อนการปฏิรูปการเมือง ดังนั้นหากทุกคนในชาติมีความห่วงกังวลต่อปัญหานี้ร่วมกัน ก็สมควรที่จะกำหนดให้คณะกรรมการ ป.ป.ช. มีอำนาจหยิบยกคดีที่มีความสำคัญที่มีการทุจริตเป็นกระบวนการ หรือคดีที่มีมูลค่าความเสียหายต่อผลประโยชน์ของประเทศชาติอย่างมาก หรือคดีที่หน่วยงานอื่นดำเนินการไม่ได้ผล เพราะมีการแทรกแซงทางฝ่ายการเมือง หรือเจ้าหน้าที่ของรัฐระดับสูง หรือผู้มีอิทธิพลขึ้นมาดำเนินการไต่สวนได้อย่างเป็นอิสระจะเหมาะสมยิ่งกว่าการตัดตอนอำนาจการไต่สวนของ ป.ป.ช. ดังเช่น ที่ปรากฏในร่างรัฐธรรมนูญ