รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยปี 2540 ได้วางกลไกตรวจสอบทุจริต "ข้าราชการและนักการเมือง" ผ่านองค์กรอิสระ คือ คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ หรือ ป.ป.ช. โดยมีเจตนารมณ์ให้ทำหน้าที่ ป้องกัน ปราบปราม ตรวจสอบการทุจริตอย่างตรงไปตรงมา ไม่ขึ้นกับฝ่ายบริหารและนิติบัญญัติ ปราศจากการแทรกแซงทางการเมืองทั้งในเชิงอำนาจและการเงิน
เพื่อเป็นการประเมินผลว่าองค์กรอิสระสามารถปฏิบัติหน้าที่ได้ตามเจตนารมณ์ของรัฐธรรมนูญหรือไม่ ทีดีอาร์ไอได้ศึกษาวิจัยในหัวข้อ "การประเมินองค์กรอิสระตามรัฐธรรมนูญ ว่าด้วยการต่อต้านคอร์รัปชั่น" ในช่วงปี พ.ศ. 2552 – 2557 พบว่า ป.ป.ช. ยังไม่สามารถสร้างผลงานบรรลุเจตนารมณ์ตามรัฐธรรมนูญได้ เนื่องจากประสบกับปัญหาขาดความอิสระในการปฏิบัติหน้าที่ และปัญหาด้านงบประมาณ ซึ่งส่งผลต่อการดำเนินงานและการบริหารงานบุคคล อีกทั้ง ป.ป.ช. ยังขาดการเปิดเผยข้อมูลต่อสาธารณะอย่างต่อเนื่อง
ในด้านการปฏิบัติหน้าที่ ป.ป.ช. ขาดความเป็นอิสระในการสืบสวนและเอาผิดผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองและข้าราชการระดับสูง เนื่องจากบทบัญญัติรัฐธรรมนูญปี 2540 ได้ให้อำนาจแก่ฝ่ายบริหารในการสรรหาผู้ที่จะเข้ามาเป็น ป.ป.ช. ทำให้ ป.ป.ช. อาจเกิดความเกรงใจที่จะทำหน้าที่ตรวจสอบผู้มีส่วนเสนอชื่อหรือแต่งตั้งตนเป็นกรรมการ เพื่อแก้ไขปัญหาดังกล่าว รัฐธรรมนูญปี 2550 จึงปรับโครงสร้างกรรมการสรรหาใหม่ โดยปรับสัดส่วนและถ่วงอำนาจโดยฝ่ายตุลาการ จากเดิมมีสัดส่วนคณะกรรมการสรรหา จำนวน 15 คน ได้แก่ ฝ่ายตุลาการ 3 คน ฝ่ายวิชาการ 7 คน และฝ่ายการเมือง 5 คน เหลือเพียงคณะกรรมการ 5 คน ประกอบด้วย ฝ่ายการเมือง 2 คน และฝ่ายตุลาการคงไว้เช่นเดิม เพื่อป้องกันการครอบงำโดยฝ่ายบริหาร
นอกจากนี้ ป.ป.ช. ยังต้องอาศัยการอนุมัติงบประมาณจากฝ่ายบริหารที่ ป.ป.ช. ต้องทำหน้าที่ตรวจสอบ ประเด็นนี้ถือเป็นความลักลั่นอย่างหนึ่ง จึงทำให้ ป.ป.ช. ประสบปัญหาการขาดงบประมาณในช่วงที่รัฐบาลลดการสนับสนุนการตรวจสอบการทุจริตคอร์รัปชั่น งบประมาณที่ได้รับการจัดสรรจึงไม่เพียงพอต่อการปฏิบัติหน้าที่ ดังจะเห็นได้จากผลการดำเนินงานในปี พ.ศ. 2558 ที่มีจำนวนคดีคงเหลือค้างอยู่มากถึง 11,048 เรื่อง ส่งผลให้สำนักงาน ป.ป.ช. กลายเป็นองค์กรตรวจสอบที่ไม่เข้มแข็งตามบทบาท ไม่สามารถตรวจสอบฝ่ายบริหารได้อย่างเต็มประสิทธิภาพ
ขณะที่การบริหารงานบุคคล มีการให้ค่าตอบแทนที่ค่อนข้างต่ำไม่จูงใจบุคลากรที่มีศักยภาพให้อยู่กับองค์กร รวมทั้งการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ยังมีความเสี่ยง เนื่องจากไม่มีกฎหมายคุ้มครองกรณีถูกฟ้องร้องกลับจากผู้ถูกตรวจสอบ นอกจากนี้ โครงสร้างและการดำเนินงานขององค์กรยังมีความเป็นราชการจึงทำให้ขาดความคล่องตัวในการดำเนินงาน
เมื่อไม่สามารถปฏิบัติหน้าที่ได้อย่างเต็มที่ ป.ป.ช. จึงถูกมองว่าถูกใช้เป็นเครื่องมือทางการเมือง เพื่อขจัดนักการเมืองคู่แข่งฝ่ายตรงข้ามมากกว่ารักษาผลประโยชน์ของประชาชน ดังนั้น ทีดีอาร์ไอจึงเสนอแนวทางการดำเนินงานของ ป.ป.ช. ให้มีความเป็นอิสระและเพิ่มประสิทธิภาพในการปฏิบัติหน้าที่ โดยป้องกันการแทรกแซงกระบวนการสรรหา ด้วยการปรับสัดส่วนของคณะกรรมการสรรหา ป.ป.ช. ให้มีความหลากหลายในสาขาวิชาชีพ เพราะที่ผ่านมาถือว่ายังคงให้อำนาจแก่ฝ่ายตุลาการ และพรรคการเมืองค่อนข้างมาก ซึ่งยังไม่ได้ให้ความสำคัญกับภาคธุรกิจ ภาคประชาสังคมแต่อย่างใด
อีกทั้งควรกำหนดค่าตอบแทนที่จูงใจในการดึงดูดบุคลากรที่มีศักยภาพเข้ามาทำงาน ด้วยการจัดสรรงบประมาณที่เพียงพอตามการเสนอขอในแต่ละปี และการจัดสรรงบประมาณ ควรระบุแหล่งงบประมาณที่แน่นอน ที่จะจัดสรรให้ ป.ป.ช. ไว้ในกฎหมาย เพื่อสนับสนุนให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ รวมถึงเปิดโอกาสให้สื่อ ภาคเอกชน และภาคประชาสังคม มีส่วนร่วมในการสนับสนุนการต่อต้านคอร์รัปชั่น เพื่อลดภาระการตรวจสอบ-ป้องกันการทุจริตโดย ป.ป.ช. และยังได้สร้างทัศนคติในการต่อต้านคอร์รัปชั่นแก่ภาคส่วนต่างๆ แนวทางเหล่านี้จะเป็นปัจจัยช่วยให้เกิดการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในประเทศไทยได้อย่างแท้จริง
อย่างไรก็ตาม ที่ผ่านมาการขจัดปัญหาทุจริตคอร์รัปชั่นในประเทศไทยยังไม่เกิดผลเป็นรูปธรรมมากนัก เพราะการตรวจสอบ เอาผิดในหลายคดีค่อนข้างล่าช้า เห็นได้จากคดีทุจริตที่อยู่ในความสนใจของสาธารณะจำนวนมากยังคงค้างอยู่ในชั้นศาล รวมถึงการตั้งคำถามของสังคมต่อจุดยืนของ ป.ป.ช. ในความเป็นกลางและความโปร่งใส
บทบาทของ ป.ป.ช. จึงยังคงถูกสังคมเฝ้ามองอยู่เสมอ โดยเฉพาะในช่วงที่ผ่านมา เมื่อที่ประชุมคณะกรรมการสรรหา ป.ป.ช. มีมติเลือกบุคคลดำรงตำแหน่งกรรมการชุดใหม่ ประกอบด้วย ผู้เชี่ยวชาญด้านการบริหารราชการ ผู้เชี่ยวชาญด้านกฎหมาย ผู้เชี่ยวชาญด้านบัญชี และด้านการตรวจสอบภายใน รวม 5 คน การทำงานของ ป.ป.ช. ชุดใหม่จึงถูกคาดหวังว่าจะเดินหน้าสะสางคดีค้าคางด้วยความเป็นอิสระจากการเมืองทั้งในเชิงของอำนาจและการเงิน
นางวีรวัลย์ ไพบูลย์จิตต์อารี หนึ่งในคณะผู้วิจัย มีมุมมองต่อสัดส่วนและแนวทางการปฏิบัติหน้าที่ในอนาคตของคณะกรรมการชุดใหม่ว่า "จากสัดส่วนกรรมการที่เพิ่งได้รับการสรรหามีความหลากหลายในวิชาชีพ และเพิ่มเติมผู้เชี่ยวชาญทางด้านบัญชีเข้ามา ทำให้มีมุมมองกว้างขึ้น ถือว่าเป็นสิ่งที่ดี แต่เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการทำงาน องค์กรควรปรับกระบวนการดำเนินงานให้เหมือนภาคเอกชนที่มีความคล่องตัวและเป็นอิสระ พร้อมทั้งควรเร่งสะสางคดีที่ยืดเยื้อให้เสร็จสิ้น ถึงแม้บางคดีจะอยู่ในขั้นตอนของหน่วยงานอื่น แต่ ป.ป.ช. ก็ควรแสดงบทบาทเชิงรุกในการติดตามความคืบหน้า พร้อมทั้งเปิดเผยข้อมูลต่อสาธารณชนอย่างทันท่วงที เพื่อให้สังคมได้รับความกระจ่างและร่วมติดตามตรวจสอบได้"
ทั้งนี้ "รัฐควรจัดตั้งหน่วยงานเพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบการทำงานของ ป.ป.ช. อีกขั้นหนึ่ง หรือ Cross Check เพราะในปัจจุบันมีเพียงสำนักงานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ทำหน้าที่ตรวจสอบการใช้จ่ายงบประมาณเท่านั้น เพื่อให้มีการติดตามการทำงานของ ป.ป.ช. และเสริมศักยภาพในการทำหน้าที่ต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชั่นตามเจตจำนงของรัฐธรรมนูญ" นางวีรวัลย์ เสนอแนะทิ้งท้าย