เมื่อวันที่ 12 มกราคม 2560 กองบัญชาการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ (บกปภ.ช.) จัดประชุมติดตามสถานการณ์อุทกภัยในพื้นที่ภาคใต้ผ่านระบบวิดีโอคอนเฟอเรนซ์ร่วมกันระหว่าง บกปภ.ช. ส่วนกลาง ณ กรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย บกปภ.ช ส่วนหน้า ณ ศูนย์ป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยเขต 11 สุราษฎร์ธานี รวมถึงหน่วยปฏิบัติในระดับพื้นที่ โดยมีผู้แทนส่วนสนับสนุนการปฏิบัติงานในภาวะฉุกเฉิน (สปฉ.) ที่เกี่ยวข้อง 12 สปฉ. เข้าร่วมประชุมฯ ซึ่งจากการติดตามสถานการณ์ พบว่า สถานการณ์เริ่มคลี่คลาย ระดับน้ำลดลงในหลายพื้นที่ แต่ยังมีพื้นที่ต้องเฝ้าระวัง อาทิ จังหวัดนครศรีธรรมราช ใน 3 อำเภอ ได้แก่ อำเภอเฉลิมพระเกียรติ อำเภอปากพนัง และอำเภอหัวไทร จังหวัดสุราษฎร์ธานี บริเวณที่ลุ่มริมแม่น้ำตาปี โดยน้ำจะไหลจากอำเภอพระแสง มารวมกันที่อำเภอเคียนซา คาดว่าปริมาณน้ำจะเพิ่มสูงสุดในบ่ายนี้ จากนั้นน้ำจะไหลมาที่อำเภอพุนพิน อำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี ก่อนไหลออกสู่ทะเล ซึ่งคาดว่าจะใช้เวลาประมาณ 4 วัน จังหวัดพัทลุง บริเวณริมทะเลสาบสงขลา ได้แก่ อำเภอเมืองพัทลุง อำเภอเขาชัยสน อำเภอควนขนุน และอำเภอปากพยูน อีกทั้งจากการติดตามสภาพอากาศ ระยะนี้พื้นที่ภาคใต้เริ่มมีฝนลดลง หลังจากวันที่ 15 มกราคม 2560 ภาคใต้จะกลับมามีฝนตกอีกครั้งในลักษณะของฝนตกตามฤดูกาล จะไม่ตกหนักเหมือนช่วงที่ผ่านมา ในช่วง 2 - 3 วันนี้ จึงเป็นช่วงที่หน่วยปฏิบัติต้องเร่งผลักดันน้ำและพร่องน้ำออกจากพื้นที่น้ำท่วมขัง โดยเฉพาะพื้นที่ปลายน้ำที่คาดว่าจะมีน้ำไหลเข้ามาสมทบ เพื่อคลี่คลายสถานการณ์ให้กลับเข้าสู่ภาวะปกติโดยเร็ว
นายกฤษฎา บุญราช ปลัดกระทรวงมหาดไทย ในฐานะรองผู้บัญชาการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ กล่าวว่า สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวรางกูร ทรงห่วงใยพสกนิกรที่ประสบอุทกภัยในพื้นที่ภาคใต้ จึงมีพระราชกระแสรับสั่งให้รัฐบาลและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องดูแลประชาชนอย่างดีที่สุด เพื่อบรรเทาความเดือดร้อนและมิให้ได้รับผลกระทบต่อการดำเนินชีวิตประจำวัน อีกทั้งนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรีได้ฝากขอบคุณและให้กำลังใจเจ้าหน้าที่ที่ปฏิบัติงานช่วยเหลือผู้ประสบภัยในพื้นที่ พร้อมกำชับให้ทุกจังหวัดตรวจสอบพื้นที่ในความรับผิดชอบอีกครั้ง (Re X - Ray) โดยเฉพาะจุดวิกฤตที่อาจมีประชาชนตกค้างและรอการช่วยเหลือจากภาครัฐ บริเวณที่เส้นทางคมนาคม ระบบการสื่อสาร ระบบสาธารณูปโภคใช้การไม่ได้ รวมถึงสถานที่ราชการหรือโรงพยาบาลที่ไม่สามารถให้บริการประชาชนได้ พร้อมมอบหมายหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเข้าไปดูแลและวางแผนแก้ไขปัญหาให้ประชาชนสามารถดำเนินชีวิตได้ในเบื้องต้น นอกจากนี้ ได้เน้นย้ำจังหวัดบูรณาการทุกภาคส่วนดำเนินการตามกลไก "ประชารัฐ" ในการประสานฝ่ายปกครอง หน่วยทหาร กำนัน ผู้ใหญ่บ้าน อาสาสมัคร และสื่อมวลชนในพื้นที่ร่วมเป็นเครือข่ายในการเฝ้าระวังจุดเสี่ยง ตรวจสอบสภาพอากาศ และติดตามสถานการณ์น้ำ เพื่อจะได้แจ้งเตือนประชาชนได้อย่างทันท่วงที ที่สำคัญ ให้ประสานโรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพตำบลในการให้บริการทางการแพทย์และสาธารณสุข เพื่อดูแลสุขภาพกายและเยียวยาสภาพจิตใจผู้ประสบภัย
นายฉัตรชัย พรหมเลิศ อธิบดีกรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย ในฐานะผู้อำนวยการกลาง กล่าวว่า กองบัญชาการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ (บกปภ.ช.) ได้เชื่อมโยงกลไกของส่วนสนับสนุนการปฏิบัติงานในภาวะฉุกเฉิน 12 สปฉ. เพื่อบูรณาการหน่วยงานที่มีภารกิจรับผิดชอบในแต่ละด้านเร่งคลี่คลายสถานการณ์ให้กลับสู่ภาวะปกติโดยเร็ว สำหรับการบริหารจัดการปัญหาอุทกภัยในพื้นที่ภาคใต้ แยกเป็น 3 ระดับ ดังนี้ 1.จังหวัดที่สถานการณ์คลี่คลายแล้ว ให้เร่งสำรวจความเสียหาย เพื่อเข้าสู่กระบวนการฟื้นฟูและเยียวยาผู้ประสบภัยตามระเบียบกระทรวงการคลังและหลักเกณฑ์ที่เกี่ยวข้องโดยด่วนต่อไป 2.จังหวัดที่สถานการณ์ยังทรงตัว ให้ความสำคัญกับการดูแลด้านการดำรงชีพและชีวิตความเป็นอยู่ เพื่อบรรเทาความเดือดร้อนในเบื้องต้น 3.จังหวัดที่ยังมีมวลน้ำปริมาณมากในพื้นที่ ให้ระดมสรรพกำลังในการผลักดันน้ำออกสู่ทะเล พร้อมป้องกันพื้นที่เศรษฐกิจและพื้นที่สำคัญมิให้มีน้ำท่วมขังเป็นเวลานาน รวมถึงดูแลเส้นทางคมนาคมและระบบสาธารณูปโภคมิให้ถูกตัดขาด ทั้งนี้ ในวันที่ 13 มกราคม 2560 เวลา 10.00 น. พลเอก อนุพงษ์ เผ่าจินดา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ในฐานะผู้บัญชาการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ จะเป็นประธานการประชุม กองบัญชาการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ ณ กรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย โดยมีหน่วยงานภายใต้คณะกรรมการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ ส่วนสนับสนุนการปฏิบัติงานในภาวะฉุกเฉิน ทั้ง 18 สปฉ. และหน่วยปฏิบัติในระดับพื้นที่ เข้าร่วมประชุมฯ เพื่อติดตามสถานการณ์อุทกภัย อำนวยการ สั่งการ และเชื่อมโยงปฏิบัติการแก้ไขปัญหาให้มีประสิทธิภาพเพิ่มมากขึ้นและเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประชาชน