ทั้งนี้ แนวทางการดำเนินงาน "5 ประสาน สืบสานเกษตรทฤษฎีใหม่ ถวายในหลวง" จะเริ่มต้นจากเกษตรกรกลุ่มแรกที่มีความพร้อมมาก และยังไม่เคยทำเกษตรกรทฤษฎีใหม่มาก่อน 21,000 ราย ในเดือน ก.พ.- เม.ย.60 ส่งเสริมในกลุ่มเกษตรกรที่มีความพร้อมปานกลาง 42,000 ราย ในเดือน พ.ค.- ก.ย. 60 และส่งเสริมในกลุ่มเกษตรกรที่มีความพร้อม 7,000 ราย หรือมากกว่า ในเดือน ต.ค.- ธ.ค.60 ?โดยแบ่งแผนปฏิบัติงานออกเป็น 4 ระยะได้แก่ ระยะที่ 1 (ม.ค. - ก.พ.60) โดยกำหนดผู้ร่วมบูรณาการ 5 ประสาน (เกษตรกร ปราชญ์เกษตรกร เจ้าหน้าที่ภาครัฐ ภาคเอกชน และสถาบันการศึกษา) มาพบปะสร้างการรับรู้แนวทางของโครงการฯ และสร้างกิจกรรมการมีส่วนร่วมระดับประเทศ ระยะที่ 2 (มี.ค.- เม.ย.60) เกษตรกรปรับ/เปลี่ยนพัฒนาตนเอง โดยปราชญ์เกษตรช่วยเพิ่มพูนองค์ความรู้เชิงปฏิบัติการตามแนวเกษตรทฤษฎีใหม่ การวิเคราะห์ตนเอง และวางแผนการผลิตตามศักยภาพ ระยะที่ 3 (พ.ค.- ส.ค.60) ขับเคลื่อนการดำเนินงานในลักษณะเพื่อนช่วยเพื่อน โดยดำเนินการกิจกรรมตามแผนการผลิต โดยมีภาคเอกชนสนับสนุนการจัดหาปัจจัยการผลิตตามแผนที่เกษตรกรวางไว้ตามความเหมาะสม ส่งเสริมการดำเนินกิจกรรมการผลิตที่หลากหลายให้เกษตรกรตามศักยภาพฐานะตนเอง รวมทั้งวางแผนการตลาด และ ระยะที่ 4 (ก.ย.- ธ.ค.60) ติดตาม/เยี่ยมเยียน/ประเมินผล โดยเยี่ยมเยียนเกษตรกร อย่างน้อย 1 ครั้ง/เดือน รวมทั้งประเมินความสำเร็จเพื่อปรับแผนปฏิบัติงานให้มีความเหมาะสมสำหรับเกษตรกรแต่ละราย เพื่อให้เกษตรกรสามารถขับเคลื่อนไปด้วยตนเองได้ในระยะยาว
สำหรับแผนปฏิบัติงานฯ ในเดือนมีนาคม 2560 ที่จะเริ่มต้นจากเกษตรกรกลุ่มแรกที่มีความพร้อมมาก จำนวน 21,000 ราย นั้น ขณะนี้ทั้ง 5 ประสาน ได้เริ่มขับเคลื่อนการดำเนินงานตามแผนที่วางไว้แล้ว โดยแบ่งการดำเนินงานเป็น 5 กิจกรรม ได้แก่ (1) จัดการพบปะ 5 ประสานในพื้นที่ ทั้งในระดับตำบล /อำเภอ และระดับอำเภอ/จังหวัด(2) ปรับแนวคิด เปลี่ยนวิธีทำ สร้างแรงบันดาลใจให้แก่เกษตรกร โดยหน่วยงานรัฐส่งเสริมให้ปราชญ์เกษตรดำเนินการสร้างแรงบันดาลใจ ในการปรับแนวคิด เปลี่ยนวิธีทำ ให้เกษตรกรที่ร่วมโครงการปรับมาทำเกษตรตามแนวทฤษฎีใหม่ โดยอาจดำเนินการที่แปลงของปราชญ์เกษตร หรือที่แปลงของเกษตรกรตามความเหมาะสม (3) จัดทำแผนการผลิตและสนับสุนนปัจจัยการผลิต โดยเกษตรกรจัดทำแผนการผลิตที่เริ่มจากง่ายก่อน ซึ่งปราชญ์เกษตรจะให้คำชี้แนะ และหน่วยงานที่รับผิดชอบรวบรวมความต้องการตามแผนการผลิตของเกษตรกรแต่ละราย เพื่อขอรับการสนับสนุนจากหน่วยงานภาครัฐในพื้นที่ ขณะที่ภาคเอกชนและสถาบันการศึกษา ให้การสนับสนุนตามความเหมาะสม โดยใช้หลักเศรษฐกิจพอเพียงในการพิจารณาสนับสนุน (4) เกษตรกรลงมือทำตามแผนการผลิตในแปลงตนเอง โดยปราชญ์เกษตรและหน่วยงานที่รับผิดชอบให้คำแนะนำในลักษณะเพื่อนช่วยเพื่อน พร้อมทั้งติดตาม เยี่ยมเยียนเกษตรกร และ (5) รายงานผล โดยเจ้าหน้าที่จากหน่วยงานภาครัฐรายงานผลความก้าวหน้าประจำเดือน มี.ค.60 ต่อกระทรวงเกษตรฯ พร้อมทั้งเตรียมการดำเนินการในระยะต่อไป