ส.ป.ก.ได้เริ่มขับเคลื่อนงานพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านต่างๆ รวมถึงด้านแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำ ตั้งแต่ ปี ๒๕๒๗ โดยกองวิศวกรรม (ในสมัยนั้น) ซึ่งได้มีการพัฒนามาอย่างต่อเนื่อง และเมื่อวันที่ ๘ มกราคม ๒๕๕๓ ภายใต้กรอบบันทึกข้อตกลงความร่วมมือระหว่าง กรมชลประทานกับ ส.ป.ก. ได้ลงนามร่วมกัน เพื่อขับเคลื่อนกระบวนการพัฒนาแหล่งน้ำ ซึ่งได้ศึกษาแผนแม่บทในปี 2552-2553 ศึกษาการจัดการแหล่งน้ำในเขตปฏิรูปที่ดิน 19 จังหวัด พื้นที่ศึกษา 1,928,397 ไร่ คาดว่าจะได้ประโยชน์ประมาณ 855,359 ไร่ ทั้งนี้ ส.ป.ก. ได้นำผลการศึกษานี้ มาขยายผลสำรวจออกแบบและบรรจุเข้าแผนงบประมาณในการพัฒนาแหล่งน้ำโครงการชลประทานขนาดเล็ก และในช่วงปีงบประมาณ 2560 ส.ป.ก.ได้ขับเคลื่อนการพัฒนาแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำในเขตปฏิรูปที่ดิน ภายใต้คำสั่งกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (คำสั่งที่ 132/2561 เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2561) ดำเนินงานโครงการพัฒนาแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำ โดยจัดให้มีการประชุมแผนงานร่วมกัน เมื่อวันที่ ๒๙ มีนาคม ๒๕๖๑ กรมชลประทานมีแผนสนับสนุนพัฒนาแหล่งน้ำในพื้นที่ ส.ป.ก. ที่ได้ศึกษาพื้นที่ไว้แล้ว 19 จังหวัด สามารถพัฒนาเพิ่มเติมได้จำนวน 103 โครงการ งบประมาณ 5,057 ล้านบาท นอกจากนี้ ยังสนับสนุนแหล่งน้ำในโครงการจัดที่ดินทำกินให้ชุมชน ดำเนินการ 38 แปลง งบประมาณ 1,523 ล้านบาท
ในปี 2562 ส.ป.ก. จะดำเนินการศึกษาพัฒนาแหล่งน้ำในพื้นที่ 900,000 ไร่ ใน 10 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดแพร่ น่าน อุตรดิตถ์ บุรีรัมย์ เลย ศรีสะเกษ หนองบัวลำภู จันทบุรี กระบี่ และสุราษฏร์ธานี เพื่อให้แผนงานพัฒนาแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำมีความชัดเจน โดยกรมชลประทานสามารถกำหนดแผนงานและงบประมาณดำเนินการพัฒนาแหล่งน้ำในพื้นที่ ส.ป.ก. ส่วนที่เหลือ ส.ป.ก.จะดำเนินการจัดจ้างสำรวจออกแบบพร้อมก่อสร้างแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำ พร้อมทั้งขยายผลโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริในพื้นที่เขตปฏิรูปที่ดินจังหวัดสกลนคร โดยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ 9) ได้พระราชทานแนวทางให้กรมชลประทานก่อสร้างตั้งแต่ปี 2527 รวม 68 โครงการ ซึ่งทำให้พื้นที่ ส.ป.ก. เพิ่มพื้นที่ชลประทานอีก 121,170 ไร่ เพื่อให้กรมชลประทานกำหนดแผนงานงบประมาณในการพัฒนาแหล่งน้ำและระบบกระจายน้ำในเขตปฏิรูปที่ดินอย่างต่อเนื่องได้น้อมนำ หลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง สานงานศาสตร์พระราชา มุ่งพัฒนาผืนดิน ส.ป.ก. ให้อุดมสมบูรณ์ สร้างความผาสุกบนความพอเพียง ใต้ร่มพระบารมี