สำหรับประเด็นการแก้ไขปัญหาหนี้สินเกษตรกร จากการสำรวจกลุ่มเป้าหมายมีเกษตรกรที่มารายงานตัวจากข้อมูลสำรวจในรอบที่ 1 จำนวน 290,657 ราย เป็นเกษตรกรที่ประสงค์ให้กองทุนฟื้นฟูฯจัดการหนี้ จำนวน 164,360 ราย มูลหนี้ 28,690 ล้านบาท และไม่ประสงค์ให้กองทุนฟื้นฟูฯ จัดการหนี้ 126,297 ราย มูลหนี้ 15,912 ล้านบาท ซึ่งมีการตรวจสอบรายละเอียดแล้วจำนวน 85,864 ราย 186,731 สัญญา อยู่ในหลักเกณฑ์ที่ กฟก.สามารถจัดการหนี้ได้จำนวน 10,679 ราย เป็นหนี้ที่มีวัตถุประสงค์การกู้เพื่อการเกษตรมีหลักทรัพย์ค้ำประกัน และเป็นหนี้ไม่เกิน 2.5 ล้านบาทอยู่ในหลักเกณฑ์ตามระเบียบคณะกรรมการกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกรโดยกองทุนฟื้นฟูฯ ได้จัดการหนี้ไปแล้วจำนวน 1,670 ราย มูลหนี้ 481,796,661.35 ล้านบาท และอีกส่วนหนึ่งรอการจัดการหนี้จำนวน 9,009 ราย มูลหนี้2,527,902,099.59 บาท ซึ่งอยู่ระหว่างการเจรจา นอกจากนี้ยังมีหนี้บุคคลค้ำประกันและวัตถุประสงค์การกู้ไม่ใช่เพื่อการเกษตรจำนวน 75,185 ราย มูลหนี้ 17,337 ล้านบาท ทั้งนี้กองทุนฟื้นฟูฯ ได้ดำเนินการจัดการหนี้ร่วมกับสถาบันเจ้าหนี้ โดยเสนอให้เจ้าหนี้ปรับโครงสร้างหนี้ ซึ่งกรณีดังกล่าวคิดเป็นร้อยละ91 ของกลุ่มเป้าหมาย ในกรณีที่เป็นหนี้นอกหลักเกณฑ์ (หนี้บุคคลค้ำประกัน/หนี้ที่อุทธรณ์วัตถุประสงค์การกู้) เป็นไปตามคำวินิจฉัยตามกฤษฎีกาเรื่องการรับภาระชำระหนี้ให้แก่เจ้าหนี้ของเกษตรกรสำหรับหนี้ในระบบที่มิใช่โครงการส่งเสริมของรัฐ ตามมาตรา 37/9 แห่งพระราชบัญญัติกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกร พ.ศ. 2542
ในการสำรวจหนี้ระยะที่ 2 ส่วนที่เหลือที่ยังไม่มารายงานตัว จำนวน 238,123 ราย มูลหนี้33,751 ล้านบาท สำนักงานกองทุนฟื้นฟูฯ จะดำเนินการภายในวันที่ 30 มิถุนายน 2561 โดยให้เกษตรกรที่มีรายชื่อมารายงานตัวเพื่อแก้ไขปัญหาหนี้ต่อไป
อย่างไรก็ตามหนี้เหล่านี้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์โดยที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (นายณรงค์ อ่อนสอาด) และที่ปรึกษาปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (นายนำชัย พรหมมีชัย)ได้รับมอบเป็นนโยบายจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ไปประสานดำเนินการร่วมกับสถาบันเจ้าหนี้ 3 กลุ่ม คือ ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส. ) กรมส่งเสริมสหกรณ์ (หนี้สกรณ์) และธนาคารหรือนิติบุคคลอื่น เพื่อให้มีการแก้ไขปัญหาหนี้โดยการปรับโครงสร้างหนี้กับสถาบันเจ้าหนี้ จากนั้นให้สถาบันเจ้าหนี้ กองทุนฟื้นฟูฯ องค์กรเกษตรกร และเกษตรกรสมาชิกที่เป็นหนี้ จัดทำแผนฟื้นฟูแบบบูรณาการเพื่อแก้ไขปัญหาอย่างยั่งยืน โดยการสนับสนุนการดำเนินงานและงบประมาณในการฟื้นฟูจากภาครัฐต่อไป
นอกจากนี้ นายประเทือง นรินทรางกูล ณ อยุธยา รักษาการผู้อำนวยการสำนักกิจการสาขาภูมิภาคที่ 1 ในฐานะประธานกรรมการศูนย์ข้อมูลหนี้สินเกษตรกร ให้ข้อมูลเพิ่มเติมว่าการสำรวจและการตรวจสอบข้อมูลหนี้ของเกษตรกร เป็นการนำเข้าข้อมูลจากสถาบันเจ้าหนี้ เข้าสู่ระบบและตรวจสอบจากสถาบันเจ้าหนี้ ได้แก่ ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส.) , สหกรณ์การเกษตร , ธนาคารพาณิชย์ และนิติบุคคลอื่นตามกฎหมาย จากนั้นให้เกษตรกรสมาชิกมายืนยันในแบบสำรวจและตรวจสอบโดยมีผู้แทน กฟก.แต่ละจังหวัด ผู้แทนจากสถาบันเจ้าหนี้ และผู้แทนฝ่ายความมั่นคง (ทหาร) และเกษตรกรรับรอง และนำข้อมูลเข้าสู่ระบบ และส่งให้สำนักงานตรวจสอบบัญชีสหกรณ์ กรมตรวจบัญชีสหกรณ์แต่ละจังหวัดรับรองความถูกต้อง เพื่อนำเสนอคณะอนุกรรมการระดับอำเภอและระดับจังหวัดเห็นชอบ จากนั้นจะนำผลการสำรวจ รายชื่อ พร้อมมูลหนี้เสนอคณะกรรมการกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกรเฉพาะกิจพิจารณาให้ความเห็นชอบ กรณีหนี้ที่เป็นไปตามหลักเกณฑ์เงื่อนไขการชำระหนี้ จะเสนอให้กองทุนฟื้นฟูฯ ชำระหนี้ตามกฎหมาย ส่วนกรณีหนี้บุคคลค้ำประกัน/หนี้ที่อุทธรณ์วัตถุประสงค์การกู้ไม่ใช่เพื่อการเกษตรสามารถใช้การปรับโครงสร้างหนี้ได้ หรือหากการเจรจาไม่ได้ข้อยุติจะนำเสนอคณะกรรมการกองทุนฟื้นฟูและพัฒนาเกษตรกรเฉพาะกิจ หรือรายงานคณะรัฐมนตรี หรือคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) นำสู่การแก้ไขปัญหาต่อไป