ระบบนิเวศสัตว์น้ำแบ่งออกตามลักษณะของน้ำ ได้แก่ น้ำจืด, น้ำเค็ม และน้ำกร่อย โดยใช้ค่าความเค็มเป็นตัวกำหนด เช่น แหล่งน้ำจืดต้องมีเกลือน้อยกว่า 1 เปอร์เซ็นต์ แหล่งน้ำเค็มมีเกลือประมาณ 3.5 เปอร์เซ็นต์ ส่วนแหล่งน้ำกร่อยมีค่าความเค็มค่อนข้างกว้าง แปรผันในรอบวัน
เมื่อระบบนิเวศหมายถึงหน่วยพื้นที่หนึ่งประกอบด้วยสังคมของสิ่งมีชีวิตกับสิ่งแวดล้อมทำหน้าที่ร่วมกัน ระบบนิเวศสัตว์น้ำจึงเป็นพื้นที่หนึ่งที่สัตว์น้ำจำนวนมากกำเนิด อาศัยอยู่ เติบโต และดำรงชีวิต กรมชลประทานซึ่งมีหน้าที่ดูแลทรัพยากรน้ำจึงเป็นฟันเฟืองชิ้นสำคัญต่อการขับเคลื่อนการดูแลระบบนิเวศสัตว์น้ำให้อุดมสมบูรณ์
ถ้าสังเกต บริเวณใดไม่มีอ่างเก็บน้ำ เมื่อหมดฤดูฝนไปแล้ว มักจะพบปัญหาน้ำแล้ง เมื่อน้ำแห้งคงจะกระทบต่อระบบนิเวศสัตว์น้ำ เช่น ปัจจุบันแม่น้ำยมไม่มีเขื่อนใหญ่ หน้าแล้งในลำน้ำยมน้ำจึงแห้ง แถบจังหวัดแพร่ สุโขทัย มาจนถึงพิจิตร ประสบปัญหาเดียวกัน คือแล้งกระทั่งแม่น้ำกลายเป็นทางดิน เดินข้ามไปมาได้
นายมหิทธิ์ วงศ์ษา นักวิชาการสิ่งแวดล้อมชำนาญการ (ส่วนสิ่งแวดล้อม) สำนักบริหารโครงการ กรมชลประทาน กล่าวถึงเรื่องนี้ว่าภัยแล้งกระทบต่อระบบนิเวศสัตว์น้ำค่อนข้างมากถึงขั้นเสียหาย เหตุผลของการสร้างอ่างเก็บน้ำอย่างหนึ่งคือเพื่อรักษาระบบนิเวศนี้ไว้
"การสร้างอ่างเก็บน้ำจะมีการคำนวณปริมาณน้ำ ที่เรียกว่าปล่อยมาเพื่อรักษาระบบนิเวศ ฉะนั้นที่ไหนที่มีอ่างเก็บน้ำ จะมีน้ำที่ปล่อยมาเพื่อใช้ด้านการเกษตร ใช้เพื่ออุปโภคบริโภค และเพื่อรักษาระบบนิเวศ ให้มีน้ำอยู่ในลำน้ำตลอดทั้งปี พอมีน้ำตลอดทั้งปี ปลาก็อยู่ได้ แพลงก์ตอน สัตว์หน้าดิน กุ้งหอยปูปลา สัตว์น้ำและพืชน้ำอยู่ได้"
การสร้างอ่างเก็บน้ำต้องอาศัยหลักวิชาการมากมาย การคำนวณเพื่อให้น้ำอยู่ในระดับเหมาะสม เพียงพอต่อการใช้ด้านต่างๆ ตลอดทั้งปี
นอกจากอ่างเก็บน้ำจะเป็นประโยชน์ต่อคนโดยตรง ทั้งการผลิตไฟฟ้า การเกษตร การอุปโภคบริโภค กรมชลประทานยังต้องมองไปถึงสิ่งมีชีวิตอื่นๆ รวมถึงสิ่งแวดล้อมที่จะได้รับผลกระทบ เปลี่ยนจากผลกระทบด้านลบให้เป็นด้านบวกอย่างมีคุณภาพและยั่งยืน
ตัวอย่าง
แผนงานติดตามด้านทรัพยากรประมง การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และนิเวศวิทยาทางน้ำ โครงการอ่างเก็บน้ำห้วยน้ำรี อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดอุตรดิตถ์
ประจำปีงบประมาณ 2560
ชนิดพันธุ์สัตว์น้ำที่พบในเขื่อนห้วยน้ำรี จังหวัดอุตรดิตถ์
หมอช้างเหยียบ Pristolepis fasciata
ขี้ยอกหางเหลือง Mystacoleucus marginatus
ไส้ตัน Cyclocheilichthys armatus
นิล Oreochromis niloticus
สลาดNotopterus notopterus
กระสูบขีด Hampala macrolepidota
แก้มช้ำ Puntius orphoides
ซิวควาย Rasbora paviei
บู่ทราย Oxyeleotris marmorata
ตะเพียนทอง Barbonymus altus
ซิวหนวดยาว Esomus metallicus
ซิวหางแดง Rasbora borapetensis
ค้อ Schistura sp.
กระทุงเหว Xenentodon cancila
ช่อน Channa striata
ชะโด Channa micropeltes
กระทิง Mastacembelus favus
กระดี่หม้อ Trichogaster trichopterus
น้ำหมึกโคราช Opsarius koratensis
แป้นแก้ว Parambassis siamensis
ชนิดของแพลงก์ตอนพืชที่พบในเขื่อนห้วยน้ำรี จังหวัดอุตรดิตถ์
Division Cyanophyta
Class Cyanophyceae
Unidentified blue green algae
Order Chroococcales
Family Chroococcaceae
Chroococcus sp.
Merismopedia sp.
Coelomoron sp.
Microcystis