ในการที่จะต้องจัดสรรใบอนุญาตให้สอดคล้องกับปริมาณสัตว์น้ำสูงสุดที่ทำการประมงได้อย่างยั่งยืน กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้ตระหนักถึงความเดือดร้อนและผลกระทบดังกล่าวจึงได้พยายามที่จะช่วยเหลือเยียวยาชาวประมงกลุ่มดังกล่าวในช่วงเวลาที่ผ่านมา เนื่องจากพิจารณาแล้วว่าจะเป็นการลดการลงแรงประมงที่เกินอยู่ และยังลดภาระและค่าใช้จ่ายในการควบคุมการทำประมงของภาครัฐในอนาคตอีกทางหนึ่งด้วย
แต่ได้มีการคัดค้านในการที่จะนำเงินงบประมาณไปชดเชยเยียวยาให้ชาวประมงบางกลุ่ม พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ต้องการให้ชาวประมงทุกกลุ่มได้รับความเป็นธรรม จึงได้มีคำสั่งแต่งตั้ง "คณะอนุกรรมการกลั่นกรองการนำเรือออกนอกระบบเพื่อการจัดการประมงที่ยั่งยืน" เพื่อให้เกิดความรอบคอบถูกต้องตามกฎหมายและเป็นธรรมแก่ทุกฝ่าย ซึ่งได้เริ่มมีการดำเนินการประชุมในครั้งแรกเมื่อวันที่ 8 พฤศจิกายน 2561 โดยดำเนินการควบคู่กับการหารือกับสมาคมการประมงแห่งประเทศไทยมาเป็นระยะ แต่อย่างไรก็ตาม ได้มีกระแสข่าวในโซเชียลมีเดียว่า
มีความล่าช้าและไม่จริงใจในการดำเนินการช่วยเหลือดังกล่าว
นายอดิศร พร้อมเทพ อธิบดีกรมประมง ได้ให้ข้อมูลเกี่ยวกับการดำเนินการดังกล่าวว่า กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้เร่งที่จะดำเนินการช่วยเหลือเรื่องดังกล่าวอย่างเต็มที่ และจริงจัง เห็นได้จากในการประชุมคณะอนุกรรมการกลั่นกรอง ฯ ดังกล่าว ท่านรัฐมนตรีกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ให้ความสำคัญเป็นอย่างยิ่งและเป็นประธานเองทุกครั้งที่ผ่านมา และมีการกำหนดแนวทาง ระเบียบ วิธีปฏิบัติ และกรอบเวลาดำเนินการให้แต่ละหน่วยงาน และคณะทำงานฯ ที่เกี่ยวข้องนำไปพิจารณาและนำเข้าสู่การหารืออย่างเป็นระบบเพื่อให้การดำเนินการช่วยเหลือเป็นไปอย่างรอบคอบและมีประสิทธิภาพ เนื่องจากการดำเนินการดังกล่าวเป็นการชดเชยช่วยเหลือชาวประมงที่ได้รับผลกระทบซึ่งหากดำเนินการไม่รอบคอบแล้วทำให้ชาวประมงบางกลุ่ม "เสียโอกาส" "ล่าช้า ติดขัด" หรือ "ไม่รอบคอบ" จะเป็นการซ้ำเติมชาวประมง หรือ เป็นการใช้งบประมาณของรัฐอย่างไม่คุ้มค่า ทำให้ตลอดช่วงเดือนที่ผ่านมามีการประชุมหารือในประเด็นการดำเนินการทั้งหลักเกณฑ์การประเมิน ราคาประเมิน แนวทางการดำเนินการ รวมทั้งมีการหารือกับชาวประมงคู่ขนานไปด้วย
และนอกจากนี้ในการประชุมเมื่อวันศุกร์ที่ผ่านมีประเด็นพิจารณากรอบเวลาในการดำเนินงาน ในประเด็นดังกล่าวท่านรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้เร่งรัดให้ระยะเวลาในการสอบถามความประสงค์ที่จะเข้าร่วมโครงการของชาวประมงจากวันที่ 30 ธันวาคม 2561 – 30 มกราคม 2562 เร็วขึ้นมาอีก 10 วัน โดยให้ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเร่งเตรียมการให้เร็วขึ้น โดยไม่ลดระยะเวลาในการยื่นแจ้งความประสงค์ของชาวประมงลง เพื่อไม่ให้ชาวประมงบางกลุ่มเสียโอกาส และนอกจากนี้ยังสั่งการให้มีการดำเนินการสำรวจและประเมินราคาชดเชยควบคู่ไปพร้อมกัน เพื่อที่จะดำเนินการสรุปเสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาได้ก่อนการเลือกตั้งจะมีขึ้น
นายอดิศร พร้อมเทพ กล่าวทิ้งท้ายไว้ด้วยว่า เนื่องจากการดำเนินการชดเชยครั้งนี้เป็น "สิทธิของแต่ละบุคคล" และ "เรือเป็นสมบัติของแต่ละบุคคล" จึงจำเป็นที่ต้องให้ชาวประมงที่เข้าร่วมโครงการฯ ต้องยื่นความประสงค์ที่เข้าร่วมโครงการเป็นการเฉพาะตัว เนื่องจากหากส่วนราชการนำรายชื่อที่ยื่นผ่านสมาคมฯไว้มาใช้ในการดำเนินการ เพราะหากมีการผิดพลาดหรือตกหล่นอาจทำให้ชาวประมงเสียสิทธิ