สำหรับการป้องกันแก้ไขปัญหาจากพายุปาบึกในพื้นที่ 16 จังหวัดภาคใต้ ขอให้ทุกหน่วยตรวจสอบวัสดุ อุปกรณ์เครื่องมือเครื่องใช้ ที่ทำการ บ้านพัก โดยให้หาทางระวังป้องกันอันตรายจากพายุปาบึก ที่อาจทำให้ทรัพย์สินของทางราชการเสียหายไว้ด้วย พร้อมกันนี้ขอให้ประสานงานกับกองอำนวยการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยจังหวัดและหน่วยทหารในพื้นที่ให้เพื่อให้เกิดความเป็นเอกภาพด้วย
ทั้งนี้ จากการประชุมกองบัญชาการและบรรเทาสาธารณภัยแห่งชาติ ในการเฝ้าระวัง ติดตาม และเตรียมการเผชิญเหตุ กรณีพายุโซนร้อน "ปาบึก" เมื่อวันพุธที่ 2 มกราคม 2562 ที่ผ่านมา แนวโน้มสถานการณ์ ช่วงวันที่ 3 - 5 มกราคม 2562 มีปริมาณฝน 200 - 300 มม/วัน มีคลื่นความสูง 3-5 เมตร โดยทุกหน่วยงานของกระทรวงเกษตรฯ และกรมชลประทาน ได้ปฏิบัติการดังนี้
1. ทุกหน่วยงานประเมินความเสี่ยงและลดความเสี่ยงเตรียมป้องกันเหตุ โดยติดตามเส้นทางพายุ ปริมาณฝน ปริมาณน้ำท่า คลื่นจากพายุ (strom surge) เพื่อดำเนินการพร่องน้ำ/ระบายน้ำ รองรับมวลน้ำ และบริหารจัดการน้ำในเขื่อน อ่าง ขนาดต่าง ๆ ให้สอดคล้องขนาดและความรุนแรงของพายุ
2. จัดสรรพกำลัง ยานพาหนะขนาดใหญ่ เครื่องสูบน้ำ เครื่องผลักดันน้ำ ระบบสื่อสาร/วิทยุสื่อสาร ความพร้อมประตูระบายน้ำ เสบียงอาหาร เสบียงสัตว์ เวชภัณฑ์ เพิ่มเติมจากที่มีอยู่ในพื้นทีเมื่อเผชิญเหตุอุทกภัยก่อนหน้า
3. ร่วมปฏิบัติการตามแนวปฏิบัติของกองอำนวยการป้องกันและบรรเทาสาธารณภัยจังหวัดอย่างใกล้ชิด
4. ร่วมสนับสนุนการป้องกัน ระงับยับยั้ง เรือประมง ตามประกาศงดเดินเรือของจังหวัด
5. เตรียมพร้อมเพื่อการหยุดยั้งความเสียหาย การประเมินความเสียหาย และการฟื้นฟู ด้านการเกษตร เมื่อพายุได้ผ่านไปโดยเร็ว