สำหรับแนวทางในการป้องกันโรคลำต้นจุดสีน้ำตาลและผลเน่า ให้เกษตรกรเลือกใช้ต้นพันธุ์ที่แข็งแรงปลอดโรค และควรลดการให้ปุ๋ยไนโตรเจน เพราะแก้วมังกรเป็นพืชอวบน้ำ อาจทำให้พืชอ่อนแอเกิดการระบาดมากขึ้น จากนั้น ให้หมั่นสำรวจทำความสะอาดกำจัดวัชพืชโคนต้น เก็บกวาดเศษซากพืชส่วนที่เป็นโรคใต้ต้นออกไปเผาทำลายนอกแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หลีกเลี่ยงการตัดแต่งส่วนที่เป็นโรคของพืชทำให้เกิดแผลน้อยที่สุด ซึ่งแผลจะเป็นช่องทางให้เชื้อสาเหตุของโรคเข้าทำลายพืชได้ง่าย อีกทั้งเกษตรกรควรล้างทำความสะอาดอุปกรณ์ เครื่องมือ เครื่องใช้ทางการเกษตรต่างๆ ให้สะอาด และผึ่งแดดให้แห้งหลังการใช้งานทุกครั้งอยู่เสมอ เมื่อได้นำไปใช้กับต้นที่เป็นโรคในแปลงที่มีการระบาดก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ในครั้งต่อไป
นอกจากนี้ เกษตรกรควรให้น้ำแก้วมังกรเฉพาะในช่วงเช้า หลีกเลี่ยงการให้น้ำในช่วงบ่ายหรือเย็น เพื่อช่วยลดการสะสมความชื้นในทรงต้นไม่ให้มีมากเกินไป กรณีระบาดมาก หลังจากตัดแต่งกิ่งเสร็จแล้วให้เกษตรกรพ่นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชโพรคลอราซ 45% อีซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารแมนโคเซบ 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารอะซอกซีสโตรบิน + ไดฟีโนโคนาโซล 20% + 12.5% เอสซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร โดยพ่นให้ทั่วต้น 2 ครั้ง ทุก 5-7 วัน ในระยะติดดอกพ่นอีก 2 ครั้ง ทุก 7 วัน และให้หยุดพ่นก่อนเก็บเกี่ยวผลผลิตแก้วมังกรอย่างน้อย 15 วัน