สำหรับพื้นที่ชายฝั่งบริเวณศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ นับเป็นสถานที่ที่มีความสำคัญเนื่องจากได้เริ่มก่อตั้งตามพระราชดำริ พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เป็นพื้นที่ดำเนินการศึกษาสาธิตและการพัฒนาในเขตที่ดินชายทะเล เพื่อวางแผนพัฒนาการจัดการทรัพยากรที่มีอยู่ให้เหมาะสมและยั่งยืน
จากสถิติของการเปลี่ยนแปลงชายฝั่งบริเวณพื้นที่แห่งนี้ ระหว่าง พ.ศ.2549 – 2554 พบพื้นที่ถูกกัดเซาะประมาณ 15,876 ตรางเมตร (ประมาณ 9.9 ไร่) บางช่วงมีอัตราการกัดเซาะสูงถึง 8.77 เมตรต่อปี แม้จะมีการสร้างเขื่อนป้องกันการกัดเซาะศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบนอันเนื่องมาจากพระราชดำริอยู่แล้ว แต่ก็มีสภาพที่ชำรุดพบปัญหารอยแตกร้าวและพังทลายอยู่บ่อยครั้ง เพราะถูกสร้างมามากกว่า 10 ปีแล้ว ทำให้ต้องมีการปรับปรุงซ่อมแซมเป็นประจำทุกปี อีกทั้งไม่สามารถที่จะป้องกันการชะล้างชายหาดลงไปได้
สภาพปัญหาที่เกิดขึ้นทำให้ในปี พ.ศ. 2555 ศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ มีหนังสือถึงสำนักงานโยธาธิการและผังเมืองจังหวัดจันทบุรี เพื่อขอรับการสนับสนุนงบประมาณจากกรมโยธาธิการและผังเมืองเพื่อก่อสร้างเขื่อนฯทดแทนของเดิมที่ชำรุดเสียหาย ก่อนจะมีการลงพื้นที่สำรวจออกแบบและจัดประชุมรับฟังความคิดเห็นสาธารณะกับผู้ที่เกี่ยวข้องทั้งผู้ที่มีโอกาสได้รับผลกระทบจากโครงการทุกภาคส่วน เพื่อนำความคิดเห็นของประชาชนในพื้นที่มาใช้เป็นข้อมูลประกอบการออกแบบและศึกษาผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม จากนั้นจึงมีการเริ่มก่อสร้างในปี พ.ศ.2559
สำหรับเขื่อนป้องกันการกัดเซาะชายฝั่งทะเลบริเวณนี้จะเป็น "เขื่อนประเภทบันไดคอนกรีต" ความยาว 1,265 เมตร เพื่อป้องกันทรัพย์สินของทางราชการไม่ให้ถูกคลื่นกัดเซาะจมหายไปในทะเล ลักษณะเขื่อนของโครงการ มี 2 รูปแบบ คือ 1.ลักษณะเป็นขั้นบันไดความลาดชัน 1:2 พร้อมถุงทรายวางซ้อนกัน 3 ชั้น วางเหนือกล่องกันทรายและโครงสร้างคานสำเร็จรูป โครงสร้างของสันเขื่อนประกอบด้วยพื้นคอนกรีตเสริมเหล็ก หนา 0.15 เมตร กว้าง 4.0 เมตร และมีเก้าอี้คอนกรีตเพื่อป้องกันคลื่นกระเซ็นข้ามมาด้านหลังและใช้เป็นที่นั่งพักผ่อน ส่วนโครงสร้างด้านล่างเป็นเสาเข็มและถุงทราย 2. ลักษณะเป็นบล็อคสลายพลังงาน ความลาดชัน 1:2 โครงสร้างของสันเขื่อนและส่วนตีนเขื่อนเหมือนแบบที่หนึ่ง ในโครงการก่อสร้างทางลงเรือพื้นคอนกรีตเสริมเหล็ก กว้าง 5.0 เมตร ความลาดชัน 1:5 จำนวน 2 แห่งเมื่อก่อสร้างโครงการแล้วเสร็จจะสามารถป้องกันการกัดเซาะชายฝั่งได้
อย่างไรก็ตามเพื่อเป็นการรองรับปัญหาที่จะเกิดขึ้นในระยะยาว เนื่องจากเขื่อนบันไดคอนกรีตที่ถูกสร้างขึ้นนั้นอาจจะไปกีดขวางการเคลื่อนที่ของตะกอนในแนวขนานชายฝั่งบ้าง จึงอาจส่งผลทำให้เกิดการกัดเซาะชายฝั่งด้านตะวันออกติดกับจุดสิ้นสุดของเขื่อนบันไดคอนกรีตในอีก 25 ปีข้างหน้าทำให้พื้นที่ที่ติดกับจุดสิ้นสุดของเขื่อน จะถูกกัดเซาะลึกเข้าไปในแผ่นดินประมาณ 4 เมตร ระยะทางตามแนวชายฝั่งที่จะถูกกัดเซาะประมาณ 100 เมตร ส่วนบริเวณชายฝั่งที่ไกลออกไปนั้นจะไม่ได้รับผลกระทบ กรมโยธาธิการและผังเมืองได้วางแผนเพื่อลดผลกระทบที่จะเกิดขึ้นโดยจะมีการนำทรายมาเสริมในบริเวณที่ได้รับผลกระทบถูกกัดเซาะทุกปี เฉลี่ยประมาณ 80 ลูกบาศก์เมตรต่อปี ซึ่งแหล่งทรายที่จะนำมาใช้เสริมหาดดังกล่าวสามารถใช้ทรายที่ทับถมบริเวณท่าเทียบเรือที่อยู่ทางด้านตะวันออกของอ่าวได้ เนื่องจากทรายในบริเวณนั้นมีคุณสมบัติเหมือนกับทรายในพื้นที่โครงการเพราะเป็นทรายในอ่าวเดียวกัน
นอกจากเขื่อนป้องกันการกัดเซาะชายฝั่งทะเลที่ถูกสร้างขึ้นจะสามารถป้องกันการชะล้างหรือแรงคลื่นที่ไปกัดเซาะชายหาดได้แล้ว เขื่อนแห่งนี้ยังตอบสนองความต้องการของชุมชนด้วยการใช้พื้นที่บริเวณเขื่อนเป็นลานสาธารณะ มีการออกแบบให้เป็นบันได้เพื่อให้ชาวบ้านและนักท่องเที่ยวสามารถลงเล่นน้ำหรือเดินเล่นบริเวณชายหาดได้ พร้อมทั้งมีแนวคิดที่จะทำให้ตลอดระยะทางความยาวของเขื่อนระยะทางกว่า 1,265 เมตร กลายเป็นจุดเรียนรู้เชิงระบบนิเวศของนักท่องเที่ยว ทั้งพื้นที่สวนรุกชาติ, โรงเพาะเลี้ยงสัตว์ทะเล คาดว่าพื้นที่บริเวณนี้จะกลายเป็นแหล่งท่องเที่ยวแห่งใหม่และกลายเป็นแหล่งพักผ่อนของประชาชนที่อยู่ในจังหวัดจันทบุรีและจังหวัดใกล้เคียงในอนาคตด้วย
