โรคนี้มีความสัมพันธ์กับฮอร์โมนเพศหญิง ผู้หญิงทุกคนจึงมีความเสี่ยงที่จะเป็นโรคนี้ได้ ในบางคนอาจไม่มีอาการปวดเลย ยกเว้นเมื่อขนาดของซีสต์โตมากๆ แล้วไปกดอวัยวะข้างเคียงหรือแตกออกมา จึงส่งผลให้เกิดอาการปวดท้องรุนแรง
โรคนี้มักพบมากกับผู้หญิงที่มีอายุ 30-40 ปีขึ้นไป หรือวัยก่อนหมดประจำเดือน สาเหตุส่วนใหญ่เกิดจากประจำเดือนส่วนหนึ่งไหลย้อนไปทางปีกมดลูก แล้วเข้าไปฝังตัวที่อื่นๆ โดยนำเซลล์ของเยื่อบุโพรงมดลูกเข้าไปด้วย เมื่อเซลล์นี้ไปฝังตัวอยู่ที่อวัยวะไหนก็จะเกิดถุงน้ำขึ้นที่อวัยวะนั้น จุดที่เกิดช็อกโกแลตซีสต์ที่พบบ่อยๆ คือ ในรังไข่ แต่ถ้าเยื่อบุโพรงมดลูกแทรกเข้าไปในกล้ามเนื้อมดลูกจะไม่กลายเป็นซีสต์ แต่จะกลายเป็นพังผืดหรือก้อนในกล้ามเนื้อมดลูกแทน
ผลที่ตามมาคือจะทำให้มีอาการปวดท้องมาก หรือปวดท้องน้อยเรื้อรัง เมื่อมีประจำเดือนและปวดมากขึ้นทุกเดือน โดยจะปวดด้านหน้าตั้งแต่สะดือไปถึงอุ้งเชิงกราน ด้านหลังตั้งแต่บั้นเอวไปถึงก้นกบ ปวดมาก รวมทั้งมีอาการเจ็บเมื่อมีเพศสัมพันธ์
การรักษาทำได้โดยหากพบว่าถุงน้ำยังเป็นขนาดเล็ก แพทย์จะให้ยารักษาหรือฉีดยาเพื่อลดขนาดซีสต์ แต่หากมีขนาดใหญ่ อาจทำการรักษาด้วยวิธีการผ่าตัด ดังนั้นหากมีอาการที่เสี่ยงต่อการเป็นช็อกโกแลตซีสต์ ควรรีบมาพบสูตินรีแพทย์ เพื่อตรวจวินิจฉัยและรักษาต่อไป