ซึ่งในการดำเนินการนั้น คณะกรรมการ ป.ป.ช. ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ระยะที่ 3 (พ.ศ. 2561 - 2565) โดยมี ศาสตราจารย์ภักดี โพธิศิริ เป็นประธานอนุกรรมการ และคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจฯ ได้แต่งตั้งคณะทำงานจัดทำร่างยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ระยะที่ 3 (พ.ศ. 2561 - 2565) ขึ้น โดยมีที่ปรึกษาคณะทำงาน 3 ท่าน ได้แก่ พลอากาศเอกวีรวิท คงศักดิ์ รองศาสตราจารย์ มาณี ไชยธีรานุวัฒศิริ และนายประหยัด พวงจำปา สำหรับประธานคณะทำงานได้แก่ ดร. อุทิศ ขาวเธียร โดยคณะทำงานประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิจากภายนอก และผู้แทนหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ทำหน้าที่เป็นฝ่ายเลขานุการ ซึ่งคณะทำงาน มีหน้าที่ศึกษาสถานการณ์ที่เกี่ยวข้องกับการทุจริต วิเคราะห์สภาพแวดล้อม และยกร่างยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ระยะที่ 3 (พ.ศ. 2561 - 2565)
การจัดทำยุทธศาสตร์ชาติฯ ระยะที่ 3 ประธานกรรมการ ป.ป.ช. ได้ให้นโยบายกับคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจฯ ในการประชุมเมื่อวันที่ 14 มกราคม 2559 ว่า จะต้องจัดทำให้แล้วเสร็จภายในเดือนสิงหาคม 2559 เพื่อนำเสนอคณะรัฐมนตรี ในเดือนกันยายน 2559 และให้หน่วยงานต่างๆ นำไปจัดทำคำของบประมาณประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 ในเดือนตุลาคม 2559 เพื่อให้หน่วยงานภาครัฐมีงบประมาณเพียงพอต่อการดำเนินการโครงการต่าง ๆ ดังนั้น หากไม่สามารถดำเนินการให้แล้วเสร็จ ส่วนราชการต่างๆ จะไม่สามารถตั้งงบประมาณเพื่อสนับสนุนการดำเนินงานตามยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตได้ อันจะส่งผลกระทบต่อการบรรลุเป้าหมายตามยุทธศาสตร์ และสิ่งสำคัญในการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต คือ การที่รัฐบาลต้องให้ความสำคัญและจัดสรรงบประมาณให้กับหน่วยงานภาครัฐต่าง ๆ ให้เพียงพอ และควรเป็นงบประมาณที่มีสัดส่วนจากงบประมาณภาพรวมที่ชัดเจนเพราะการป้องกันและการปลูกฝังค่านิยม การรณรงค์การประชาสัมพันธ์ ต้องใช้ระยะเวลาดำเนินการอย่างต่อเนื่อง จึงจำเป็นต้องมีงบประมาณดำเนินการอย่างเพียงพอ จึงจะสำเร็จ
ในการดำเนินงานนั้น คณะทำงานฯ ได้มีแผนการดำเนินงานที่ชัดเจนเพื่อให้การจัดทำยุทธศาสตร์ชาติฯ ระยะที่ 3 แล้วเสร็จตามกำหนด ซึ่งขณะนี้ได้ดำเนินการไปแล้วหลายขั้นตอน ได้แก่ การสังเคราะห์รายงานศึกษาและวิจัย รวบรวมข้อมูลสถานการณ์ทุจริตของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง กฎหมาย ระเบียบและนโยบายที่เกี่ยวข้อง การจัดเก็บข้อมูลจากแบบสอบถาม การจัดประชุมระดมความเห็นผู้บริหารสำนักงาน ป.ป.ช. คณะกรรมการ ป.ป.จ. การสัมภาษณ์ผู้ที่เกี่ยวข้องสำคัญ และการสัมมนารับฟังความเห็น ครั้งที่ 1 วันจันทร์ที่ 4 เมษายน 2559 จากผู้มีส่วนได้เสียจากทุกภาคส่วนเพื่อร่วมกันสอบทานสถานการณ์ ปัญหา อุปสรรคของการดำเนินการยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ระยะที่ 2 ที่ผ่านมา และนำเสนอข้อมูลที่นำไปสู่วิสัยทัศน์ พันธกิจ ที่นำไปสู่การปฏิบัติ การแก้ไขการทุจริต และได้นำมายกร่างยุทธศาสตร์ชาติว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ระยะที่ 3 (พ.ศ. 2561 - 2565)