1.แก้ไขบทนิยามคำว่า "คุณธรรมความดี" คำว่า "ศูนย์" คำว่า "คณะกรรมการ" คำว่า "ผู้อำนวยการ" คำว่า "เจ้าหน้าที่" คำว่า"ลูกจ้าง" คำว่า "รัฐมนตรี"และกำหนดให้เพิ่มบทนิยามคำว่า "เครือข่ายทางสังคม" และคำว่า "กพม."เพื่อให้สอดคล้องกับมาตรา 3 แห่งพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ.2552 และที่แก้ไขเพิ่มเติม
2.แก้ไขเพิ่มเติมวัตถุประสงค์ของศูนย์ โดยให้มีวัตถุประสงค์ในการส่งเสริมการสร้างและพัฒนามาตรฐานด้านคุณธรรม จริยธรรม รวมทั้งพัฒนากระบวนการรับรองการเป็นองค์กรคุณธรรมให้กับเครือข่ายทางสังคม
3.แก้ไขเพิ่มเติมองค์ประกอบคณะกรรมการ ซึ่งคณะกรรมการต้องประกอบด้วยกรรมการไม่น้อยกว่ากึ่งหนึ่งต้องไม่เป็นข้าราชการซึ่งมีตำแหน่งหรือเงินเดือนประจำ พนักงานหรือลูกจ้างของส่วนราชการ หน่วยงานของรัฐ รัฐวิสาหกิจ หรือองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเว้นแต่เป็นผู้สอนในสถาบันอุดมศึกษาของรัฐ และกรรมการจะดำรงตำแหน่งกรรมการในองค์การมหาชนเกิน 3 แห่งไม่ได้
4.แก้ไขเพิ่มเติมอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ โดยให้มีอำนาจในการออกระเบียบ ข้อบังคับ ประกาศหรือข้อกำหนดในเรื่องเกี่ยวกับการแต่งตั้งและอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการตรวจสอบการกำหนดขอบเขตเกี่ยวกับการปฏิบัติหน้าที่ของคณะกรรมการตรวจสอบและผู้ตรวจสอบภายใน การกำหนดเครื่องแบบผู้อำนวยการ เจ้าหน้าที่ ลูกจ้างของศูนย์และเครื่องหมายศูนย์ รวมทั้งกำหนดแนวทางปฏิบัติงานตามหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี
5.กำหนดให้ดำเนินการแต่งตั้งผู้อำนวยการให้แล้วเสร็จภายในระยะเวลา 90 วัน นับแต่วันที่มีเหตุต้องแต่งตั้งผู้อำนวยการและหากมีความจำเป็นให้ขยายได้ไม่เกิน 60 วัน
6.แก้ไขเพิ่มเติมคุณสมบัติของผู้อำนวยการ โดยผู้อำนวยการต้องไม่เป็นผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง ไม่เป็นผู้บริหารของรัฐวิสาหกิจ หน่วยงานของรัฐ หรือองค์การมหาชนอื่น และไม่เป็นข้าราชการซึ่งมีตำแหน่งหรือเงินเดือนประจำ พนักงานหรือลูกจ้างของส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น หรือหน่วยงานของรัฐ หรือผู้ปฏิบัติงานขององค์การมหาชนอื่น และไม่เป็นผู้มีส่วนได้เสียในกิจการที่กระทำหรือในกิจการที่เป็นการแข่งขันกับกิจการขององค์การไม่ว่าโดยตรงหรือทางอ้อม
7.กำหนดให้การแต่งตั้ง โยกย้าย เลื่อนเงินเดือน เลื่อนตำแหน่ง และลงโทษทางวินัยผู้ตรวจสอบภายในนั้นให้ผู้อำนวยการและคณะกรรมการตรวจสอบพิจารณาร่วมกันแล้วเสนอให้คณะกรรมการให้ความเห็นชอบก่อนจึงดำเนินการได้
และ 8.กำหนดบทเฉพาะกาลโดยกำหนดให้คณะกรรมการที่มีอยู่ในวันที่พ.ร.ฎ.นี้ใช้บังคับ เป็นคณะกรรมการจนครบวาระการดำรงตำแหน่งตามที่กำหนดไว้ในพ.ร.ฎ.จัดตั้งศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) พ.ศ.2554