ทั้งนี้ การขับเคลื่อนโลจิสติกส์การเกษตรมีกลไกระดับประเทศ มีคณะกรรมการพัฒนาระบบการบริหารจัดการขนส่งสินค้าและบริการของประเทศ (กบส.) มีรองนายกรัฐมนตรี (นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์) เป็นประธาน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ร่วมเป็นกรรมการ ได้มีการจัดทำแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบโลจิสติกส์ของประเทศ ฉบับที่ 3 (พ.ศ. 2560 – 2564) นอกจากนี้ กบส. ยังได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการ 4 คณะ รวมทั้งอนุกรรมการพัฒนาระบบโลจิสติกส์การเกษตร ซึ่งมีปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์เป็นประธานด้วย
สำหรับแนวทางการขับเคลื่อนการดำเนินงานของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในปี 2563 ได้มีการของบประมาณตามภารกิจของหน่วยงาน ประกอบด้วย 1) การส่งเสริมเทคโนโลยีและนวัตกรรมโลจิสติกส์การเกษตร ได้แก่ การส่งเสริมการใช้เครื่องจักรกลการเกษตร และการส่งเสริมการทำฟาร์มอัจฉริยะ และ 2) การพัฒนาปรับปรุงโครงสร้างพื้นฐานด้านโลจิสติกส์สินค้าเกษตร นอกจากนี้ ยังมีแผนบูรณาการของประเทศ จำนวน 4 แผน ได้แก่ แผนพัฒนาพื้นที่เขตเศรษฐกิจพิเศษ แผนพัฒนาด้านคมนาคมและระบบโลจิสติกส์ แผนพัฒนาและส่งเสริมเศรษฐกิจฐานราก และแผนพัฒนาพื้นที่ระดับภาค