ส่วนแนวทางในการป้องกันกำจัดแมลงวันผลไม้ เกษตรกรควรใช้วิธีป้องกันกำจัดแบบผสมผสาน โดยเกษตรกรควรหมั่นรักษาความสะอาดแปลงปลูก และเก็บผลที่ถูกแมลงวันผลไม้เข้าทำลายหรือผลที่เน่าออกจากแปลงปลูก แล้วนำไปฝังกลบให้หน้าดินหนาอย่างน้อย 15 เซนติเมตร เพื่อลดการสะสมและขยายพันธุ์ของแมลงวันผลไม้ในแปลงปลูก จากนั้น ให้เกษตรกรทำการตัดแต่งกิ่งให้โปร่ง เพื่อลดการเกิดร่มเงาในทรงพุ่ม ทำให้สภาพแวดล้อมไม่เหมาะสมต่อการแพร่ระบาดของแมลงวันผลไม้ และให้ศัตรูธรรมชาติมีบทบาทในการทำลายแมลงวันผลไม้ได้มากขึ้น
นอกจากนี้ เกษตรกรควรห่อผลด้วยถุงพลาสติกหูหิ้วสีขาวที่เจาะรูแบบซ่อนรูปสำเร็จมาจากโรงงาน ขนาด 6x14 นิ้ว โดยเริ่มห่อเมื่อผลมีอายุ 8 สัปดาห์หลังดอกบาน ห่อผล 1 ผลต่อถุง เพื่อป้องกันการเข้าทำลายของแมลงวันผลไม้และหนอนแดง แล้วให้หุ้มทับด้วยกระดาษสมุดโทรศัพท์ห่อเป็นรูปกรวย เพื่อป้องกันแสงแดด จะทำให้ผิวสวยและเจริญเติบโตเร็ว จากนั้น ให้ใช้กับดักที่ภายในแขวนก้อนสำลีชุบสารล่อเมทธิลยูจินอลผสมสารฆ่าแมลงมาลาไทออน 83% อีซี ในอัตรา 4 :1 นำไปแขวนไว้ในทรงพุ่มที่ระดับความสูง 1 เมตร จำนวน 2 กับดักต่อพื้นที่ 1 ไร่ เพื่อกำจัดตัวเต็มวัยเพศผู้ และสำรวจการระบาดของแมลงวันผลไม้ในแปลงปลูก ถ้าพบปริมาณแมลงวันผลไม้เพิ่มมากขึ้นในกับดักโดยเฉพาะช่วงที่ใกล้เก็บเกี่ยวควรดำเนินการพ่นเหยื่อพิษโปรตีนต่อไป
หากพบระบาดมาก ให้เกษตรกรพ่นเหยื่อพิษโปรตีนที่ประกอบด้วยเหยื่อโปรตีน อัตรา 200 มิลลิลิตรผสมกับสารฆ่าแมลงมาลาไทออน 83% อีซี อัตรา 10 มิลลิลิตร ผสมในน้ำ 5 ลิตร โดยใช้วิธีเดินพ่นแบบเป็นจุดบริเวณใต้ใบ พ่นทุก 5 ก้าว และพ่นทุก 7 วันตั้งแต่ห่อผลเสร็จจนถึงเก็บเกี่ยวผลผลิตหมด ซึ่งควรพ่นในเวลาเช้าตรู่ที่เป็นช่วงเวลาของแมลงวันผลไม้ออกมาหาอาหาร