สำหรับการจัดการขยะหน้ากากอนามัยนั้น กรุงเทพมหานครโดยสำนักสิ่งแวดล้อม มีกระบวนการบริหารจัดการขยะหน้ากากอนามัยใช้แล้วตั้งแต่เริ่มสถานการณ์แพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโควิด-19 ซึ่งประชาชนใช้หน้ากากอนามัยกันอย่างแพร่หลาย โดยปัจจุบันได้ตั้งวางถังรองรับเฉพาะหน้ากากอนามัย เพื่ออำนวยความสะดวกในการทิ้งให้กับประชาชนที่สำนักงานเขต 50 แห่ง ศูนย์บริการสาธารณสุข 69 แห่ง โรงพยาบาลสังกัดกรุงเทพมหานคร 11 แห่ง ศาลาว่าการกรุงเทพมหานคร (เสาชิงช้า) และศาลาว่าการกรุงเทพมหานคร (ดินแดง) พร้อมติดป้ายข้อความ “สำหรับทิ้งหน้ากากอนามัยเท่านั้น” ที่ถังรองรับหน้ากากอนามัยทุกจุดอย่างชัดเจน และมีการกำกับดูแลเพื่อป้องกันการทิ้งมูลฝอยประเภทอื่นปะปน รวมทั้งป้องกันการรื้อค้นเพื่อการนำกลับมาใช้ใหม่ โดยสำนักงานเขตจะเก็บรวบรวมหน้ากากอนามัยจากถังรองรับหน้ากากอนามัยเฉพาะ และที่แยกทิ้งให้กับรถเก็บขนมูลฝอยของสำนักงานเขต เพื่อรวบรวมและขนส่งไปกำจัดด้วยวิธีการเผาในเตาเผามูลฝอยติดเชื้อที่ศูนย์กำจัดมูลฝอยอ่อนนุชและศูนย์กำจัดมูลฝอยหนองแขม นอกจากนี้ได้ประสานความร่วมมือกับหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน สถานประกอบการ และอาคารต่าง ๆ เพื่อตั้งวางถังรองรับหน้ากากอนามัยเฉพาะ ตลอดจนรณรงค์ให้มีการแยกทิ้งหน้ากากอนามัยอย่างถูกวิธี เพื่อการเก็บรวบรวมและนำไปกำจัดอย่างถูกสุขลักษณะต่อไป
ทั้งนี้ กรุงเทพมหานครได้มีการรณรงค์ประชาสัมพันธ์ผ่านสื่อช่องทางต่าง ๆ เช่น เว็บไซต์ เฟซบุ๊ก โปสเตอร์ประชาสัมพันธ์ การสัมภาษณ์รายการโทรทัศน์ และการให้ความรู้กับประชาชนในชุมชนอย่างต่อเนื่อง เพื่อสร้างความรู้ความเข้าใจถึงการทิ้งขยะหน้ากากอนามัยอย่างถูกวิธี และขอความร่วมมือประชาชนแยกทิ้งขยะหน้ากากอนามัยออกจากขยะทั่วไปในครัวเรือน โดยพับหน้ากากอนามัยใส่ถุงที่ปิดสนิท มัดปากถุงให้แน่น ติดข้อความหน้าถุงว่า “หน้ากากอนามัย” แยกทิ้งให้รถเก็บขนมูลฝอยของสำนักงานเขต หรือทิ้งในถังรองรับหน้ากากอนามัยเฉพาะในจุดที่กรุงเทพมหานครกำหนด เพื่อความปลอดภัยต่อสุขภาพอนามัยของผู้ปฏิบัติงานเก็บขนมูลฝอย และป้องกันการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโควิด-19 ด้วย