ทั้งนี้ ผู้โดยสารสามารถเช็คอินได้ที่เคาน์เตอร์หมายเลข 16-20 ชั้น 3 ณ แอร์พอร์ต เรล ลิงค์ สถานีมักกะสัน ตั้งแต่ เวลา 07.00-21.00 น. ของทุกวัน ซึ่งผู้โดยสาร จะได้รับบัตรที่นั่งและสามารถเช็คสัมภาระได้ตลอดจนถึงจุดหมายปลายทาง โดยเปิดให้เช็คอินล่วงหน้าก่อนเวลาเครื่องออก ประมาณ 3-12 ชั่วโมง นับเป็นอีกทางเลือกหนึ่งที่เพิ่มความสะดวกสบายในการเดินทาง