โดยทั้ง 2 ฝ่ายตกลงที่จะร่วมมือกันใน 3 ด้านได้แก่ 1)การวิจัย การตรวจวิเคราะห์ทางห้องปฏิบัติการ การ Inspection และความร่วมมือทางด้านวิชาการอื่นๆ 2)การแลกเปลี่ยนการศึกษาดูงานของนักวิจัย นักวิชาการและนักวิทยาศาสตร์ระหว่าง JCCU กับสถาบันอาหาร และ 3)การแลกเปลี่ยนข้อมูลการศึกษาวิจัยและข้อมูลการจัดอบรมทางวิชาการที่เป็นการส่งเสริมงานด้านความปลอดภัยอาหาร โอกาสทางการค้าสินค้าอาหารระหว่างประเทศไทยกับญี่ปุ่น และกิจกรรมต่างๆ ที่เกี่ยวข้องระหว่างกัน
ซึ่งความร่วมมือดังกล่าวนี้จะทำให้เกิดการพัฒนาและยกระดับมาตรฐานการผลิต คุณภาพและความปลอดภัยของผลิตภัณฑ์อาหารของไทยให้ตรงกับความต้องการของผู้นำเข้าในตลาดญี่ปุ่น อีกทั้งยังเป็นการสร้างเครือข่ายความร่วมมือกับประเทศคู่ค้าสินค้าอาหารที่สำคัญของไทยที่จะทำให้เกิดการพัฒนาบุคลากรในภาคอุตสาหกรรมอาหารของไทยให้เข้มแข็งด้วย