สำหรับเป้าหมายสำคัญในการจัดทำยุทธศาสตร์เกษตรอินทรีย์ฉบับนี้นั้นประกอบด้วย 1) เพื่อให้พื้นที่การผลิตในรูปแบบเกษตรอินทรีย์เพิ่มขึ้น 2) เพื่อให้การผลิตและการบริโภคสินค้าเกษตรอินทรีย์ในประเทศเพิ่มขึ้น 3) เพื่อสร้างมูลค่าของสินค้า บริการด้านเกษตรอินทรีย์ และผลิตภัณฑ์เพิ่มขึ้น 4) เพื่อให้สินค้าเกษตรอินทรีย์และมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ไทยเป็นที่ยอมรับของผู้บริโภคทั้งในและต่างประเทศ และ 5) เพื่อให้ไทยเป็นศูนย์กลางของสินค้าและบริการด้านเกษตรอินทรีย์ในระดับสากล โดยการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ยึดหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง โดยแนวคิดการพัฒนาแบบองค์รวมที่มีคนเป็นศูนย์กลางเพื่อแก้ไขปัญหาความยากจน การเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันและการพัฒนาอย่างยั่งยืน เน้นการผลิตตามวิถีพื้นบ้าน สามารถพึ่งพาตนเองและพึ่งพาซึ่งกันและกัน และดำเนินงานในเชิงบูรณาการมีส่วนร่วมทุกภาคส่วนอย่างเป็นระบบ ระหว่างภาครัฐ ภาคเอกชน องค์กรพัฒนาเอกชน เครือข่ายเกษตรกรและศูนย์ปราชญ์ชาวบ้าน