โรงเรียนมัธยมนพคุณ เป็นหนึ่งในสถานศึกษาหลายแห่งที่ได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงจากเหตุการณ์น้ำท่วมครั้งใหญ่ที่ อ.บางสะพาน มีระดับน้ำสูงและท่วมขังอาคารเรียนเป็นเวลาหลายวันก่อให้เกิดความเสียหายแก่ทั้งสถานที่และอุปกรณ์การเรียนการสอน จนทำให้ไม่สามารถเปิดเรียนได้ตามปกติ เงินบรรเทาทุกข์ที่ระดมทุนจากโครงการ "สหวิริยาโลจิสติกส์ร่วมใจ บรรเทาภัย บางสะพาน"จึงได้ถูกนำมาใช้ทั้งในเรื่องการซ่อมแซมอาคาร และจัดซื้ออุปกรณ์การเรียนการสอน เพื่อคืนรอยยิ้มให้กับคณะครูและนักเรียนอีกครั้ง