รางวัลองค์กรโปร่งใส มีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นการยกระดับความโปร่งใสของประเทศไทย สร้างขวัญ กำลังใจ และยกย่องเชิดชูหน่วยงาน องค์กร หรือสถาบัน ทั้งภาครัฐ ภาครัฐวิสาหกิจ ภาคธุรกิจเอกชน และนิติบุคคลอื่นๆ ที่มีความพยายามในการสร้างความโปร่งใสให้เกิดขึ้นในสังคม ผ่านการดำเนินงานของตนเอง32นอกจากนั้น ยังมีการสืบข้อมูลเชิงลึกจากหน่วยงานกำกับที่เกี่ยวข้องและเปิดเผยให้สาธารณชนทราบและทักทวงได้ในกรณีที่มีข้อมูลอันควรเชื่อได้ว่า หน่วยงานที่ผ่านการพิจารณานั้นมีคุณสมบัติไม่เหมาะสมก่อนการตัดสินมอบรางวัลอีกด้วย