วัตถุประสงค์ของการจัดงานหัวหินมาราธอนนี้ เป็นการพัฒนาต่อเนื่องจากงานวิ่งพิทักษ์หัวหิน ที่จัดขึ้นในเดือนพฤษภาคมของทุกปี เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา เจ้าฟ้ามหาจักรีสิรินธรฯ สยามบรมราชกุมารี โดยรายได้จากการจัดงานจะนำไปสมทบทุนสนับสนุนการพิทักษ์รักษาสิ่งแวดล้อมในเมืองหัวหิน และเพื่อพัฒนาป่าชายเลน 'ไกรลาศนิเวศ' ซึ่งตั้งอยู่บนเนื้อที่ 18 ไร่ บริเวณวัดเขาไกรลาศ ซึ่งเป็นป่าชายเลนผืนสุดท้ายในเมืองหัวหิน ทั้งยังเป็นกิจกรรมที่ส่งเสริมให้ประชาชนทั่วไปออกกำลังกายและหันมาใส่ใจสุขภาพมากยิ่งขึ้น
จุดเริ่มต้นและเส้นชัยของการแข่งขันอยู่ที่วัดเขาไกรลาศ โดยเส้นทางวิ่งจะแตกต่างกันไปตามแต่ละประเภท ซึ่งผ่านเส้นทางที่เป็นจุดเด่นๆ ของเมืองหัวหินด้วย อาทิ ตัวเมืองและชายหาดหัวหิน