สำหรับ ระยะต้นโต มักแสดงอาการเริ่มแรกพบใบล่างเหลือง ก้านใบลู่ลง และหลุดร่วงได้ง่าย ส่วนใบที่อยู่ด้านบนของต้นมีสีซีด และยอดอ่อนมีขนาดเล็กลง ส่งผลให้ต้นแคระแกร็น ต้นมะละกอจะเหลือใบยอดเป็นกระจุก โดยบริเวณโคนต้นจะพบแผลเน่าฉ่ำน้ำ มีสีน้ำตาลเยิ้มออกมา ต้นจะหักล้มพับได้ง่าย และตายในที่สุด เมื่อขุดดูจะพบรากแขนงสีน้ำตาลหลุดขาดได้ง่าย ต่อมาโรคลุกลามไปยังรากแก้ว ทำให้รากเน่าเปื่อย
เกษตรกรควรหมั่นตรวจและกำจัดวัชพืชในแปลงและรอบแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบต้นมะละกอที่แสดงอาการของโรครากเน่าและโคนเน่า ให้ขุดหรือถอนต้นที่เป็นโรคออกจากแปลงและนำไปเผาทำลายนอกแปลงปลูกทันที เพื่อลดแหล่งสะสมเชื้อราสาเหตุโรค จากนั้น เกษตรกรควรใส่ปูนขาวหรือโรยยูเรียผสมปูนขาว อัตรา 80:800 กิโลกรัมต่อไร่ บริเวณหลุมที่ขุดหรือถอนต้นออกไปแล้ว และให้กลบและรดน้ำให้ดินมีความชื้น ทิ้งไว้ 3 สัปดาห์ เพื่อกำจัดเชื้อราสาเหตุโรค
หากเริ่มพบการระบาดของโรครากเน่าและโคนเน่า ให้เกษตรกรราดบริเวณโคนต้นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชเมทา แลกซิล 25% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 30-50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารเมทาแลกซิล + แมนโคเซบ 4% + 64 % ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 30 - 40 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร สำหรับพื้นที่ที่เคยมีการระบาดของโรคนี้ ควรสลับเปลี่ยนไปปลูกพืชชนิดอื่นหมุนเวียน อีกทั้งควรทำแปลงปลูกให้มีการระบายน้ำที่ดีและไม่มีน้ำขัง