สำหรับความคืบหน้าของโครงการดังกล่าว ปัจจุบันดำเนินการไปแล้วประมาณร้อยละ 78 ล่าช้ากว่าแผนงานที่กำหนดไว้ร้อยละ 22 โดยสาเหตุความล่าช้าของโครงการมาจากอุปสรรคต่าง ๆ อาทิ ปัญหาบ้านรุกล้ำในแนวเขตคลอง 35 หลังในพื้นที่เขตห้วยขวาง ซึ่งเป็นอุปสรรคกีดขวางแนวก่อสร้างตั้งแต่ช่วงเริ่มต้นโครงการ อย่างไรก็ตาม สนน. ได้ร่วมกับสำนักงานเขตห้วยขวางเจรจาสร้างความเข้าใจแก่ประชาชนควบคู่กับการใช้มาตรการด้านกฎหมายจนสามารถรื้อย้ายบ้านรุกล้ำดังกล่าวได้ทั้งหมดเมื่อวันที่ 26 พ.ย. 67 ขณะเดียวกันยังมีปัญหาโครงสร้างสาธารณูปโภค เช่น เสาและสายไฟฟ้า แนวท่อประปา สายสื่อสาร และกล้องวงจรปิด (CCTV) ที่กีดขวางแนวก่อสร้าง ซึ่งปัจจุบันได้รื้อย้ายออกจากพื้นที่ทั้งหมดแล้ว รวมถึงมีการแก้ไขรูปแบบการก่อสร้างเขื่อน เนื่องจากในระหว่างการก่อสร้างพบว่า มีโครงสร้างชั่วคราวเป็นบ่อรวบรวมน้ำเสียบริเวณใต้ท้องคลองเดิม ซึ่งเป็นอุปสรรคกีดขวางการก่อสร้างพื้นดาดท้องคลอง โดยระดับพื้นดาดท้องคลองที่กำหนดในโครงการนี้ต้องลึกกว่าระดับท้องคลองเดิมประมาณ 1.50 เมตร โดยแก้ไขแล้วเสร็จตั้งแต่วันที่ 13 ธ.ค. 66 อีกทั้งในช่วงฤดูฝน สนน. จำเป็นต้องเปิดใช้คลองน้ำแก้วในการระบายน้ำเพื่อป้องกันและแก้ไขปัญหาน้ำท่วมในพื้นที่ จึงได้แจ้งให้ผู้รับจ้างหยุดงานที่มีการปิดกั้นน้ำและรื้อถอนจุดปิดกั้นน้ำทั้งหมดออกเพื่อเปิดทางระบายน้ำ นอกจากนี้ ผู้รับจ้างยังมีปัญหาขาดสภาพคล่องทางการเงินส่งผลให้ดำเนินงานล่าช้าและหยุดงานบ่อยครั้ง โดยผู้รับจ้างได้รับการขยายอายุสัญญาเนื่องจากปัญหาอุปสรรคดังกล่าว และเมื่อวันที่ 8 ม.ค. 68 ผู้รับจ้างได้ยื่นหนังสือขอขยายอายุสัญญาตามมาตรการช่วยเหลือผู้ประกอบการในช่วงการแพร่ระบาดของโรคโควิด 19 ของคณะกรรมการวินิจฉัยปัญหาการจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุภาครัฐ ที่ผ่านมา สนน. ได้ประชุมติดตามและเร่งรัดการดำเนินงานของผู้รับจ้างในส่วนที่ไม่มีอุปสรรคอย่างต่อเนื่อง โดยได้เร่งรัดงานช่วงปี 66 รวม 15 ครั้ง ปี 67 รวม 12 ครั้ง และในช่วงเดือน ม.ค. - พ.ค. 68 อีก 5 ครั้ง
ทั้งนี้ สนน. ได้กำหนดแนวทางการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมและเพื่อให้คลองน้ำแก้วใช้ระบายน้ำได้ในขณะที่มีฝนตกบริเวณพื้นที่เขตจตุจักร เขตห้วยขวาง เขตลาดพร้าว และเขตวังทองหลาง ในระหว่างที่โครงการก่อสร้างเขื่อนคลองน้ำแก้วยังไม่แล้วเสร็จ โดยให้ผู้รับจ้างหยุดงานก่อสร้างที่มีการปิดกั้นระบบระบายน้ำ เพื่อเปิดทางระบายน้ำให้ไปเข้าสู่ระบบสูบน้ำออกจากพื้นที่ได้ปกติ ส่วนพื้นที่ที่ยังดำเนินการไม่แล้วเสร็จได้ให้ผู้รับจ้างขุดลอกคลองเพื่อให้สามารถระบายน้ำได้ดีขึ้น คาดว่าการก่อสร้างส่วนที่เหลือจะแล้วเสร็จภายในปลายปี 68