นอกจากนี้ สนน. ได้เก็บตัวอย่างน้ำไปตรวจสอบเพื่อวิเคราะห์หาสารปนเปื้อนและที่มาว่าเกี่ยวข้องกับงานก่อสร้างหรือไม่ พร้อมประสานสำนักงานเขตธนบุรีและสำนักสิ่งแวดล้อม (สสล.) ร่วมตรวจสอบอย่างใกล้ชิด ผู้รับจ้างโครงการฯ แจ้งว่าจะเร่งขุดลอกคลองให้แล้วเสร็จภายใน 3-5 วัน เริ่มตั้งแต่วันที่ 3 ก.ย. 68 และจะแก้ไขปัญหาการปล่อยน้ำทิ้งปนเปื้อนลงคลอง ทั้งนี้ สนน. ได้กำหนดให้ผู้รับจ้างเร่งแก้ไขปัญหาทั้งหมดภายใน 7 วัน หากไม่ปฏิบัติตาม สนน. จะประสาน สนย. ในฐานะผู้ออกใบอนุญาตก่อสร้างเพื่อพิจารณาสั่งหยุดการก่อสร้างไว้ก่อนจนกว่าจะแก้ไขข้อบกพร่องให้เรียบร้อย
ทั้งนี้ สนน. จะจัดเจ้าหน้าที่ติดตามตรวจสอบงานก่อสร้างที่อาจส่งผลกระทบต่อระบบระบายน้ำ และกำชับให้ผู้รับจ้างปฏิบัติตามเงื่อนไขการขออนุญาตก่อสร้างที่กำหนดไว้ เช่น ห้ามปิดกั้นลำคลองโดยเด็ดขาด หากจำเป็นต้องมีระบบระบายน้ำสำรองหรือการผันน้ำที่มีประสิทธิภาพ ห้ามทิ้งเศษวัสดุ สิ่งของ หรือปล่อยน้ำเสียลงคลอง และเมื่อโครงการแล้วเสร็จต้องคืนสภาพคลองให้สมบูรณ์ต่อไป
ว่าที่ร้อยตรี เดชาธร แสงอำนาจ ผู้อำนวยการเขตธนบุรี กทม. กล่าวว่า สำนักงานเขตฯ ได้เปรียบเทียบปรับผู้รับจ้างโครงการก่อสร้างรถไฟฟ้าสายสีม่วงใต้ กรณีปล่อยน้ำทิ้งปนเปื้อนลงคลอง ซึ่งมีความผิดตามพระราชบัญญัติรักษาความสะอาดและความเป็นระเบียบเรียบร้อยของบ้านเมือง พ.ศ. 2535 มาตรา 33 ห้ามมิให้ผู้ใดเท หรือทิ้งสิ่งปฏิกูล มูลฝอย น้ำโสโครก หรือสิ่งอื่นใดลงในทางน้ำ และมาตรา 57 ผู้ใดฝ่าฝืน หรือไม่ปฏิบัติตามต้องระวางโทษปรับไม่เกินหนึ่งหมื่นบาท โดยได้มีการเปรียบเทียบปรับเป็นจำนวนเงิน 10,000 บาท ตามใบเสร็จเลขที่ 17063/68 ลงวันที่ 2 ก.ย. 68