สำหรับการกำหนดอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้า กระทรวงคมนาคมได้มอบหมายให้กรมการขนส่งทางรางเป็นหน่วยงานพิจารณากำหนดเพดานค่าโดยสารสูงสุด และให้สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.) รับผิดชอบเรื่องระบบตั๋วร่วม โดยปัจจุบันพระราชบัญญัติ (พ.ร.บ.) กรมการขนส่งทางรางฯ และ พ.ร.บ. การบริหารจัดการระบบตั๋วร่วมฯ ได้ผ่านการพิจารณาจากสภาผู้แทนราษฎรแล้วเมื่อเดือน ส.ค. 68 โดย กทม. เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบกำกับดูแลโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียวและโครงการรถไฟฟ้าสายสีทอง ได้ร่วมเป็นคณะกรรมการพิจารณาผลการดำเนินการ การศึกษาพัฒนารูปแบบ การกำกับดูแลและการบริหารจัดการระบบตั๋วร่วม ทั้งนี้ หาก พ.ร.บ. ดังกล่าวประกาศในราชกิจจานุเบกษาและมีผลบังคับใช้ กทม. พร้อมที่จะดำเนินการตามนโยบายดังกล่าวในโครงการรถไฟฟ้าที่อยู่ในความรับผิดชอบต่อไป
ทั้งนี้ ในส่วนของสัญญาสัมปทานเดินรถไฟฟ้าสายสีเขียวที่จะสิ้นสุดลงในปี 2572 ขณะนี้ สจส. ได้จ้างที่ปรึกษา เพื่อศึกษาแนวทางการบริหารจัดการทั้งส่วนสัมปทานและส่วนต่อขยายให้เป็นแนวทางเดียวกัน เพื่อบูรณาการโครงข่ายให้เชื่อมต่ออย่างมีประสิทธิภาพ คำนึงถึงประโยชน์ของรัฐและการให้บริการประชาชนสูงสุด หากได้ผลการศึกษาแล้วจะเสนอผู้บริหาร กทม. และกระทรวงมหาดไทย เพื่อนำเสนอต่อคณะรัฐมนตรีพิจารณาเห็นชอบ ก่อนจัดทำสัญญาสัมปทานฉบับใหม่ตาม พ.ร.บ. การร่วมลงทุนระหว่างรัฐและเอกชน พ.ศ. 2562 โดยมีเป้าหมายในการบูรณาการเส้นทางทั้งหมดเป็นโครงข่ายเดียวกัน พร้อมทั้งปรับโครงสร้างค่าโดยสารทั้งโครงข่ายและลดภาระหนี้จากการบริหารโครงการที่เกิดขึ้นในปัจจุบัน