จากอำนาจตามกฎหมายดังกล่าว กทม. จะสามารถจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียได้ในพื้นที่บริการบำบัดน้ำเสีย ตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง กำหนดเขตพื้นที่ที่เจ้าของ หรือผู้ครอบครองแหล่งกำเนิดน้ำเสียต้องชำระค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสีย 22 เขตที่อยู่ในพื้นที่การให้บริการของโรงควบคุมคุณภาพน้ำทั้ง 8 แห่งของ กทม. ตามประกาศเท่านั้น และยังไม่สามารถจัดเก็บค่าธรรมเนียมในพื้นที่อื่น ที่นอกเหนือจากที่ประกาศไว้ได้ โดยเฉพาะพื้นที่ที่ยังไม่มีการให้บริการบำบัดน้ำเสีย ขณะที่การกำหนดอัตราการจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียเป็นไปตามประกาศกรุงเทพมหานคร เรื่อง กำหนดอัตราค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสีย แบ่งเป็น 3 อัตรา ตามประเภทแหล่งกำเนิดน้ำเสียที่กำหนด ซึ่งเป็นการกำหนดอัตราที่คำนวณบนพื้นฐานของค่าเดินระบบและบำรุงรักษาระบบบำบัดน้ำเสีย (Operation and Maintenance : O&M) ของ กทม. โดยไม่รวมถึงค่าลงทุนในการก่อสร้างระบบบำบัดและระบบรวบรวมน้ำเสีย เนื่องจากคำนึงถึงภาระที่ประชาชน หรือแหล่งกำเนิดน้ำเสียต้องแบกรับ จึงพิจารณากำหนดอัตราที่ครอบคลุมค่าเดินระบบและค่าบำรุงรักษาเป็นหลัก เนื่องจาก กทม. เป็นหน่วยงานของรัฐที่ให้บริการแก่ประชาชน
อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันการนำข้อบัญญัติกรุงเทพมหานคร เรื่อง การจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสีย พ.ศ. 2547 และแก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2562 รวมถึงระเบียบและประกาศกรุงเทพมหานครที่เกี่ยวข้องทั้ง 7 ฉบับ มาบังคับใช้ ยังมีข้อจำกัดในการปฏิบัติและมีความสัมพันธ์กับกฎหมายอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งอาจจำเป็นต้องมีการปรับแก้รายละเอียดบางประเด็นให้มีความสอดคล้องกัน เพื่อให้สามารถนำไปปฏิบัติได้จริงอย่างสมบูรณ์ ส่วนการยกเว้นค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียและการขอรับบริการบำบัดน้ำเสียซึ่งเกี่ยวข้องกับกฎหมายอื่น ๆ ได้มีการประชุมหารือร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และจะมีการหารือเพิ่มเติมเพื่อปรับปรุง หรือแก้ไขข้อกฎหมายให้สอดคล้องกันต่อไปในอนาคต ทั้งนี้ ในระยะแรก กทม. จะจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียเอง แต่ได้มีการหารือถึงแผนในอนาคตเกี่ยวกับความเป็นไปได้ในการให้การประปานครหลวง (กปน.) ออกใบแจ้งหนี้ค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียให้ ซึ่งปัจจุบันอยู่ระหว่างพิจารณาแนวทางในการปฏิบัติ รูปแบบของใบแจ้งหนี้ กฎหมายที่เกี่ยวข้อง และงบประมาณดำเนินการในเรื่องดังกล่าว
สำหรับกรณีมีข้อสังเกตการจัดเก็บค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียเฉพาะในพื้นที่ที่มีการให้บริการบำบัดน้ำเสีย ซึ่งอาจเกิดความเท่าเทียมในมิติของการให้บริการ แต่ไม่เท่าเทียมในฐานะผู้ก่อให้เกิดมลพิษ เนื่องจากผู้ที่อยู่นอกพื้นที่ให้บริการและก่อมลพิษในลักษณะเดียวกันไม่ต้องชำระค่าธรรมเนียม ส่งผลให้เกิดความไม่เป็นธรรมด้านต้นทุน อาจกระทบต่อความสามารถในการแข่งขันของภาคธุรกิจ รวมถึงค่าครองชีพของประชาชนที่แตกต่างกันระหว่างพื้นที่ในและนอกเขตให้บริการนั้น ปัจจุบันแหล่งกำเนิดน้ำเสียทุกประเภทอยู่ภายใต้การควบคุมของกฎหมายด้านสิ่งแวดล้อมที่เกี่ยวข้อง ทั้ง พ.ร.บ.ส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. 2535 และที่แก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.สาธารณสุข พ.ศ. 2535 และที่แก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.ควบคุมอาคารฯ หรือ พ.ร.บ.โรงงานฯ ซึ่งได้กำหนดมาตรการให้แหล่งกำเนิดน้ำเสียต้องควบคุมมลพิษทางน้ำให้ได้มาตรฐานตามประเภทอาคาร หรือกิจการนั้น ๆ โดยต้องมีต้นทุนในการบริหารจัดการ ไม่ว่าจะอยู่ใน หรือนอกพื้นที่บริการบำบัดน้ำเสีย แต่หากแหล่งกำเนิดน้ำเสียอยู่ในพื้นที่บริการที่มีระบบบำบัดน้ำเสียที่สามารถบำบัดน้ำเสียได้จนมีคุณภาพน้ำทิ้งเป็นไปตามมาตรฐานที่กฎหมายกำหนด ก็สามารถยื่นขอยกเว้นค่าธรรมเนียมบำบัดน้ำเสียได้ โดยไม่กระทบต่อภาระทางการเงิน หรือต้นทุนที่เพิ่มขึ้น ในทางกลับกันแหล่งกำเนิดน้ำเสียที่อยู่ในพื้นที่บริการสามารถขอรับบริการบำบัดน้ำเสียจาก กทม.
โดยการเชื่อมต่อท่อน้ำเสียเข้ากับระบบรวบรวมน้ำเสียของ กทม. ได้ โดยต้องปรับปรุงระบบบำบัดน้ำเสียขั้นต้นให้ได้มาตรฐานตามประกาศกรุงเทพมหานครที่เกี่ยวข้อง แทนการเดินระบบบำบัดน้ำเสียเต็มรูปแบบเช่นเดิม และชำระค่าบำบัดน้ำเสียให้แก่ กทม. แทน ซึ่งอาจมีค่าใช้จ่ายต่ำกว่าการเดินระบบบำบัดน้ำเสียเองแบบเต็มรูปแบบ และในปัจจุบันกรมควบคุมมลพิษได้กำหนดให้แหล่งกำเนิดน้ำเสียต้องมีผู้ควบคุมระบบบำบัดน้ำเสียตามกฎหมาย ซึ่งอาจทำให้เกิดค่าใช้จ่ายเพิ่มเติมจากการเชื่อมต่อท่อน้ำเสียเข้ากับระบบของ กทม.
นอกจากนี้ กทม. ได้ดำเนินการศึกษาผลกระทบของมลพิษทางน้ำต่อคุณภาพชีวิตของประชาชนทั้งในด้านเศรษฐกิจ สังคม สุขภาพ และสิ่งแวดล้อม ก่อนการก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียรวมในแต่ละพื้นที่ พร้อมทั้งรับฟังความคิดเห็นของผู้มีส่วนเกี่ยวข้องและมีแผนประชาสัมพันธ์อย่างต่อเนื่อง เพื่อสร้างความเข้าใจและการมีส่วนร่วมของประชาชนในการจัดการน้ำเสียและการร่วมกันรักษาสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืนต่อไป