ทั้งนี้ การดำเนินโครงการก่อสร้างเขื่อนพร้อมทางเดินและทางจักรยานเลียบคลองแสนแสบในแต่ละช่วงที่ผ่านมา สนน. ให้ความสำคัญกับการอนุรักษ์และรักษาต้นไม้ริมคลองมาอย่างต่อเนื่อง โดยจะดำเนินการล้อมย้าย หรือตัดต้นไม้ออกเฉพาะกรณีที่มีความจำเป็นจริงเท่านั้น ซึ่งส่วนใหญ่เป็นกรณีที่เป็นอุปสรรคเชิงโครงสร้าง เช่น ต้นไม้ที่เติบโตบนแนวกำแพงกันดินเดิมที่ชำรุด หากปล่อยไว้รากไม้จะขยายตัวจนทำให้โครงสร้างกำแพงทางเดินแตกร้าว เสี่ยงต่อการทรุดตัวและพังทลายลงคลองในอนาคต รวมถึงกรณีด้านความปลอดภัย เนื่องจากกิ่งไม้บางส่วนมีการผุพังตามธรรมชาติ เสี่ยงต่อการหักโค่นในช่วงฤดูมรสุม อาจก่อให้เกิดอันตรายต่อประชาชน ที่ใช้เส้นทางเดินเท้าและเรือโดยสาร ซึ่งแนวทางการจัดการต้นไม้ สนน. ได้ยึดหลักรุกขกรรมและแผนฟื้นฟูต้นไม้ โดยให้ความสำคัญกับการบริหารจัดการพื้นที่สีเขียวควบคู่กับการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน กำหนดแนวทางการดูแลต้นไม้ในพื้นที่ก่อสร้างด้วยการตัดแต่งเท่าที่จำเป็น คำนึงถึงความปลอดภัยและสภาพแวดล้อมเป็นหลัก โดยต้นไม้ที่สามารถล้อมย้ายได้จะดำเนินการล้อมย้ายและนำไปอนุบาลในพื้นที่ที่เหมาะสม และเมื่อการก่อสร้างปรับปรุงทางเดินริมคลองแล้วเสร็จ สนน. จะประสานสำนักงานเขตพื้นที่ปลูกต้นไม้และจัดสวนในพื้นที่ว่างริมคลองต่อไป
คลองแสนแสบเป็นคลองสายหลักที่มีความสำคัญทั้งด้านการระบายน้ำและการสัญจรของประชาชน เชื่อมโยงกับระบบขนส่งสาธารณะสำคัญ อาทิ เรือโดยสาร รถประจำทาง และรถไฟฟ้า กทม. จึงได้พัฒนาทางเดินเลียบคลองแสนแสบอย่างต่อเนื่อง เพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางจากท่าเรือไปยังชุมชน ที่พักอาศัย และสถานที่ต่าง ๆ ให้มีความสะดวกรวดเร็วมากยิ่งขึ้น โดยคลองแสนแสบมีความยาวทั้งหมด 47.5 กิโลเมตร (กม.) หรือรวมระยะทางที่ต้องดำเนินการทั้ง 2 ฝั่ง ประมาณ 95 กม. ปัจจุบันมีการดำเนินโครงการก่อสร้างและปรับปรุงในหลายช่วง ได้แก่ โครงการก่อสร้างและปรับปรุงเขื่อนคลองแสนแสบช่วงสะพานผ่านฟ้าลีลาศถึงทางด่วนเฉลิมมหานคร โครงการปรับปรุงคลองแสนแสบจากทางด่วนเฉลิมมหานครถึงประตูระบายน้ำคลองตัน โครงการก่อสร้างเขื่อน ค.ส.ล. พร้อมระบบรวบรวมน้ำเสียคลองแสนแสบ (ระยะที่ 1) และโครงการก่อสร้างประตูระบายน้ำและประตูเรือสัญจรตอนคลองบางชัน นอกจากจะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำและลดปัญหาน้ำเน่าเสีย ยังช่วยปรับปรุงสภาพภูมิทัศน์ริมคลองให้สะอาด เป็นระเบียบเรียบร้อย และสวยงาม ซึ่งผลงานรวมของการก่อสร้างเขื่อนพร้อมทางเดินและทางจักรยานเลียบคลองแสนแสบแล้วเสร็จรวมระยะทางประมาณ 62.62 กม. และอยู่ระหว่างการก่อสร้างเพิ่มเติมอีกประมาณ 15.18 กม. เพื่อเชื่อมต่อโครงข่ายทางเดินจากเขตพระนครไปจนถึงสุดเขตกรุงเทพฯ (เขตหนองจอก) ให้มีความต่อเนื่องและเป็นระบบมากยิ่งขึ้น
ทั้งนี้ สนน. มีเป้าหมายที่จะให้โครงการพัฒนาทางเดินริมคลองแสนแสบช่วงจากผ่านฟ้า-โบ๊เบ๊-ประตูน้ำ-อโศก-ทองหล่อ-คลองตัน-รามคำแหง-วัดศรีบุญเรือง-บางชัน ให้สามารถใช้งานได้อย่างต่อเนื่องภายในช่วงกลางปี 2569 ส่วนช่วงบางชัน-มีนบุรี คาดว่าจะแล้วเสร็จภายในปี 2570 และช่วงมีนบุรี-หนองจอก อยู่ระหว่างแผนของบประมาณปี พ.ศ. 2570 โดยคาดว่าจะดำเนินการครบตลอดระยะทาง 47.5 กม. และแล้วเสร็จภายใน ปี 2572 เพื่อสร้างเมืองที่เดินได้ ปั่นได้ เชื่อมโยงทุกการเดินทาง และทำให้กรุงเทพฯ เป็นเมืองที่น่าอยู่อย่างยั่งยืนสำหรับทุกคน