(1) การรุกล้ำพื้นที่ของประชาชน ในช่วงแรกพบปัญหาบ้านเรือนรุกล้ำแนวเขตคลอง 35 หลัง ในพื้นที่เขตห้วยขวาง ทำให้ไม่สามารถนำเครื่องจักรเข้าทำงานได้ ซึ่งปัจจุบันได้ดำเนินการเจรจาและรื้อย้ายบ้านรุกล้ำทั้งหมดเสร็จสิ้นแล้วตั้งแต่ช่วงปลายปี 2567 (2) เหตุจากโควิด - 19 มาตรการช่วยเหลือผู้ประกอบการในช่วงโควิด-19 ของคณะกรรมการวินิจฉัยปัญหาการจัดซื้อจัดจ้าง และการบริหารพัสดุภาครัฐ กรมบัญชีกลาง ซึ่งเป็นสิทธิที่ผู้ประกอบการสามารถทำได้ตามกฎหมายหากได้รับผลกระทบ (3) ภาวะราคาน้ำมันสูงขึ้นและการงดค่าปรับ ปัจจัยด้านต้นทุนและราคาน้ำมันส่งผลกระทบต่อสภาพคล่องของผู้รับเหมาจริง โดยทางราชการได้พิจารณาขยายระยะเวลาและงด/ลดค่าปรับให้เฉพาะในส่วนที่ตรงตามเงื่อนไขมาตรการช่วยเหลือของรัฐ (เช่น กรณีโควิด-19) และช่วงเวลาที่ติดอุปสรรคที่รัฐไม่สามารถส่งมอบพื้นที่ได้เท่านั้นและได้รับการพิจารณาขยายอายุสัญญาเหตุจากโควิด - 19 เมื่อวันที่ 12 มิ.ย.69 เป็นเริ่มต้นสัญญาวันที่ 29 เม.ย.63 สิ้นสุดสัญญาวันที่ 13 ส.ค.69 ระยะเวลาก่อสร้าง 2,298 วัน วงเงินค่าก่อสร้าง 178,784,965 บาท ทั้งนี้ แม้ผู้รับจ้างจะได้รับสิทธิขยายเวลาจากเหตุสุดวิสัยและอุปสรรคข้างต้น แต่หากพ้นกำหนดระยะเวลา ที่ได้รับการชดเชยแล้ว ผู้รับจ้างยังคงนิ่งเฉย หรือทำงานล่าช้าอัน เนื่องมาจากปัญหาภายในของตนเอง (ขาดสภาพคล่อง /ไม่มีคนงาน) กทม.จะดำเนินการปรับตามเงื่อนไขสัญญาอย่างเคร่งครัด และอาจเข้าสู่กระบวนการยกเลิกสัญญาและขึ้นบัญชีผู้ทิ้งงานตามขั้นตอนต่อไป
สำหรับมาตรการที่ สนน. ได้ดำเนินการกับผู้รับเหมาโครงการเขื่อนคลองน้ำแก้ว โดยใช้หลักเกณฑ์และระบบควบคุมคุณภาพผู้รับเหมา เพื่อป้องกันปัญหาในอนาคต ประกอบด้วย (1) การเร่งรัดและควบคุมหน้างาน ซึ่ง สนน. ได้มีหนังสือประชุมเร่งรัดและติดตามงานร่วมกับผู้รับจ้าง เพื่อให้ผู้รับจ้างเข้าดำเนินงานและปรับเปลี่ยนแผนงานส่วนที่เหลือให้แล้วเสร็จภายในปี 2568 - 2569 (2) คิดค่าปรับ ซึ่งจะงดเว้นค่าปรับให้เฉพาะช่วงที่ติดอุปสรรคจากรัฐ หรือมาตรการโควิดเท่านั้น เมื่อครบกำหนดตามสัญญา หรือผู้รับจ้างไม่เข้าดำเนินการโดยไม่มีสาเหตุ จะปรับเงินตามสัญญาขั้นเด็ดขาด หรือหากยังไม่คืบหน้าจะบอกเลิกสัญญาและจะส่งชื่อขึ้นบัญชีดำตามลำดับต่อไป
ขณะเดียวกัน ยังได้ทำข้อกำหนดของการดำเนินการจัดซื้อจัดจ้างและบริหารพัสดุตามพระราชบัญญัติ (พ.ร.บ.) การจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุภาครัฐ พ.ศ. 2560 โดยมีระเบียบกระทรวงการคลังเป็นหลักปฏิบัติ ซึ่งครอบคลุมขั้นตอนการตรวจรับงาน การคัดเลือกผู้รับเหมา และการประเมินผลงานของผู้รับเหมา ซึ่งหลักการพิจารณาหน่วยงานรัฐจะพิจารณาจากข้อเสนอที่ตอบสนองวัตถุประสงค์และการใช้งานของรัฐเป็นสำคัญ และมีราคาต่ำสุด มีหลักเกณฑ์การคัดเลือกผู้รับเหมาด้วยวิธีประกวดราคาอิเล็กทรอนิกส์ (e-Bidding) และมีการกำหนดคุณสมบัติผู้ยื่นข้อเสนอ (Tor) อย่างเข้มงวดซึ่งผู้รับเหมาต้องผ่านการขึ้นทะเบียนผู้ประกอบการ และแสดงหลักฐานผลงาน ขีดความสามารถ ตลอดจนความมั่นคงทางการเงิน และมีเกณฑ์ตัดสินพิจารณาคุณภาพและราคาประกอบกัน รวมถึงต้องผ่านการจัดลำดับชั้นจากกรมบัญชีกลาง เพื่อคัดกรองศักยภาพผู้ประกอบก่อสร้าง โดยประเมินประสิทธิภาพการปฏิบัติงานของคู่สัญญา (ผู้รับเหมา) ทุกโครงการหลังสิ้นสุดสัญญา โดยใช้ฐานข้อมูลกลางระบบจัดซื้อจัดจ้างภาครัฐด้วยอิเล็กทรอนิกส์ (e-GP) ซึ่งเป็นฐานข้อมูลกลางทั่วประเทศ เพื่อให้หน่วยงานรัฐตรวจสอบประวัติผู้รับเหมาได้ว่าเคยมีปัญหาทิ้งงาน หรือผลงานล่าช้าหรือไม่
นอกจากนี้ สนน. ได้กำหนดแนวทางและมาตรการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมขังทั้งในระยะสั้นและระยะยาว ในระหว่างที่โครงการก่อสร้างเขื่อนคลองน้ำแก้วยังไม่แล้วเสร็จ โดยมาตรการระยะสั้นได้มีหนังสือแจ้งให้ผู้รับจ้างรื้อถอนปิดจุดกั้นน้ำชั่วคราว เพื่อเปิดทางระบายน้ำ ป้องกันน้ำท่วมขัง ช่วยบรรเทาความเดือดร้อนให้ประชาชนในพื้นที่ในช่วงที่มีฝนตก พร้อมทั้งเร่งรัดให้ผู้รับจ้างรีบดำเนินการดาดท้องคลองส่วนที่เหลือและที่ไม่ติดปัญหาอุปสรรคให้แล้วเสร็จโดยเร็ว ติดตั้งเครื่องสูบน้ำชั่วคราวบริเวณปากซอยแยกและบริเวณจุดเสี่ยงเพื่อเร่งดึงน้ำท่วมขังลงสู่คลองสายหลัก ติดตั้งเครื่องสูบน้ำเพิ่มเติมปลายคลองน้ำแก้วออกสู่คลองพญาเวิก รวมถึงจัดหน่วยเคลื่อนที่เร็วประจำจุดเสี่ยงริมคลองน้ำแก้วคอยเก็บขยะหน้าตะแกรงท่อ ส่วนมาตรการระยะยาว เมื่อโครงสร้างดังกล่าวแล้วเสร็จจะสามารถขุดลอกท้องคลองน้ำแก้วได้เต็มประสิทธิภาพ ทำให้คลองรองรับน้ำได้มากกว่าเดิมและสามารถเชื่อมต่อกับระบบระบายน้ำของคลองน้ำแก้วเข้ากับอุโมงค์ระบายน้ำหลักของ กทม. เพื่อเร่งระบายออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยาได้โดยตรง ตลอดจนช่วยปรับภูมิทัศน์ริมคลองให้มีความสะอาด สวยงาม และช่วยป้องกันการทิ้งขยะและการรุกล้ำคลองในอนาคตต่อไป